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Artículo

Crystal structure prediction of flexible molecules using parallel genetic algorithms with a standard force field

Seonah, Kim; Orendt, Anita M.; Ferraro, Marta BeatrizIcon ; Facelli, Julio C.
Fecha de publicación: 10/2009
Editorial: John Wiley & Sons Inc
Revista: Journal Of Computational Chemistry
ISSN: 0192-8651
Idioma: Inglés
Tipo de recurso: Artículo publicado
Clasificación temática:
Astronomía

Resumen

This article describes the application of our distributed computing framework for crystal structure prediction (CSP) the modified genetic algorithms for crystal and cluster prediction (MGAC), to predict the crystal structure of flexible molecules using the general Amber force field (GAFF) and the CHARMM program. The MGAC distributed computing framework includes a series of tightly integrated computer programs for generating the molecule's force field, sampling crystal structures using a distributed parallel genetic algorithm and local energy minimization of the structures followed by the classifying, sorting, and archiving of the most relevant structures. Our results indicate that the method can consistently find the experimentally known crystal structures of flexible molecules, but the number of missing structures and poor ranking observed in some crystals show the need for further improvement of the potential. © 2009 Wiley Periodicals, Inc.
Palabras clave: Crystal Structure Prediction , Force Fields , Gaff , Genetic Algorithms
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info:eu-repo/semantics/openAccess Excepto donde se diga explícitamente, este item se publica bajo la siguiente descripción: Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 2.5 Unported (CC BY-NC-SA 2.5)
Identificadores
URI: http://hdl.handle.net/11336/60760
DOI: https://dx.doi.org/10.1002/jcc.21189
URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcc.21189
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Citación
Seonah, Kim; Orendt, Anita M.; Ferraro, Marta Beatriz; Facelli, Julio C.; Crystal structure prediction of flexible molecules using parallel genetic algorithms with a standard force field; John Wiley & Sons Inc; Journal Of Computational Chemistry; 30; 13; 10-2009; 1973-1985
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