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dc.contributor.author
Fresno Rodríguez, Cristóbal  
dc.contributor.author
Gonzalez, Germán Alexis  
dc.contributor.author
Merino, Gabriela Alejandra  
dc.contributor.author
Flesia, Ana Georgina  
dc.contributor.author
Podhajcer, Osvaldo Luis  
dc.contributor.author
Llera, Andrea Sabina  
dc.contributor.author
Fernandez, Elmer Andres  
dc.date.available
2018-09-19T17:36:19Z  
dc.date.issued
2017-03  
dc.identifier.citation
Fresno Rodríguez, Cristóbal; Gonzalez, Germán Alexis; Merino, Gabriela Alejandra; Flesia, Ana Georgina; Podhajcer, Osvaldo Luis; et al.; A novel non-parametric method for uncertainty evaluation of correlation-based molecular signatures: Its application on PAM50 algorithm; Oxford University Press; Bioinformatics (Oxford, England); 33; 5; 3-2017; 693-700  
dc.identifier.issn
1367-4803  
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/60239  
dc.description.abstract
The PAM50 classifier is used to assign patients to the highest correlated breast cancer subtype irrespectively of the obtained value. Nonetheless, all subtype correlations are required to build the risk of recurrence (ROR) score, currently used in therapeutic decisions. Present subtype uncertainty estimations are not accurate, seldom considered or require a population-based approach for this context. Results: Here we present a novel single-subject non-parametric uncertainty estimation based on PAM50's gene label permutations. Simulations results (n = 5228) showed that only 61% subjects can be reliably 'Assigned' to the PAM50 subtype, whereas 33% should be 'Not Assigned' (NA), leaving the rest to tight 'Ambiguous' correlations between subtypes. The NA subjects exclusion from the analysis improved survival subtype curves discrimination yielding a higher proportion of low and high ROR values. Conversely, all NA subjects showed similar survival behaviour regardless of the original PAM50 assignment. We propose to incorporate our PAM50 uncertainty estimation to support therapeutic decisions.  
dc.format
application/pdf  
dc.language.iso
eng  
dc.publisher
Oxford University Press  
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess  
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/  
dc.subject
Classsificationclassification  
dc.subject
Rejection Option  
dc.subject
Pam50  
dc.subject
Molecular Maker  
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación  
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información  
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS  
dc.title
A novel non-parametric method for uncertainty evaluation of correlation-based molecular signatures: Its application on PAM50 algorithm  
dc.type
info:eu-repo/semantics/article  
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo  
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion  
dc.date.updated
2018-09-14T19:03:00Z  
dc.identifier.eissn
1460-2059  
dc.journal.volume
33  
dc.journal.number
5  
dc.journal.pagination
693-700  
dc.journal.pais
Reino Unido  
dc.journal.ciudad
Oxford  
dc.description.fil
Fil: Fresno Rodríguez, Cristóbal. Area de Cs. Agrarias, Ingeniería, Cs. Biológicas y de la Salud de la Universidad Catolica de Córdoba; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Gonzalez, Germán Alexis. Area de Cs. Agrarias, Ingeniería, Cs. Biológicas y de la Salud de la Universidad Catolica de Córdoba; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Merino, Gabriela Alejandra. Area de Cs. Agrarias, Ingeniería, Cs. Biológicas y de la Salud de la Universidad Catolica de Córdoba; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Flesia, Ana Georgina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Matemática, Astronomia y Física. Sección Matemática. Grupo de Probabilidad y Estadística; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Podhajcer, Osvaldo Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Llera, Andrea Sabina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Fernandez, Elmer Andres. Area de Cs. Agrarias, Ingeniería, Cs. Biológicas y de la Salud de la Universidad Catolica de Córdoba; Argentina  
dc.journal.title
Bioinformatics (Oxford, England)  
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/5/693/2849457  
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw704