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dc.contributor.author
Parra, Rodrigo Gonzalo
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dc.contributor.author
Schafer, Nicholas P.
dc.contributor.author
Radusky, Leandro Gabriel
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dc.contributor.author
Tsai, Min-Yeh
dc.contributor.author
Guzovsky, Ana Brenda
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dc.contributor.author
Wolynes, Peter G.
dc.contributor.author
Ferreiro, Diego
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dc.date.available
2018-09-11T20:41:37Z
dc.date.issued
2016-07
dc.identifier.citation
Parra, Rodrigo Gonzalo; Schafer, Nicholas P.; Radusky, Leandro Gabriel; Tsai, Min-Yeh; Guzovsky, Ana Brenda; et al.; Protein Frustratometer 2: a tool to localize energetic frustration in protein molecules, now with electrostatics; Oxford University Press; Nucleic acids research; 44; W1; 7-2016; W356-W360
dc.identifier.issn
1362-4962
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/59213
dc.description.abstract
The protein frustratometer is an energy landscape theory-inspired algorithm that aims at localizing and quantifying the energetic frustration present in protein molecules. Frustration is a useful concept for analyzing proteins' biological behavior. It compares the energy distributions of the native state with respect to structural decoys. The network of minimally frustrated interactions encompasses the folding core of the molecule. Sites of high local frustration often correlate with functional regions such as binding sites and regions involved in allosteric transitions. We present here an upgraded version of a webserver that measures local frustration. The new implementation that allows the inclusion of electrostatic energy terms, important to the interactions with nucleic acids, is significantly faster than the previous version enabling the analysis of large macromolecular complexes within a user-friendly interface. The webserver is freely available at URL: http://frustratometer.qb.fcen.uba.ar.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Frustracion Local
dc.subject
Estructuras de Proteinas
dc.subject
Bioinformatica
dc.subject
Paisajes Energeticos
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación
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dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Protein Frustratometer 2: a tool to localize energetic frustration in protein molecules, now with electrostatics
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-09-04T19:09:53Z
dc.journal.volume
44
dc.journal.number
W1
dc.journal.pagination
W356-W360
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Parra, Rodrigo Gonzalo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Schafer, Nicholas P.. University Aarhus; Dinamarca
dc.description.fil
Fil: Radusky, Leandro Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Tsai, Min-Yeh. Rice University; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Guzovsky, Ana Brenda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Wolynes, Peter G.. Rice University; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Ferreiro, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina
dc.journal.title
Nucleic acids research
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkw304
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/nar/article/44/W1/W356/2499321
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