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dc.contributor.author
Radusky, Leandro Gabriel  
dc.contributor.author
Ruiz Carmona, Sergio  
dc.contributor.author
Modenutti, Carlos Pablo  
dc.contributor.author
Barril, Xavier  
dc.contributor.author
Turjanski, Adrian  
dc.contributor.author
Marti, Marcelo Adrian  
dc.date.available
2018-08-14T20:05:11Z  
dc.date.issued
2017-08  
dc.identifier.citation
Radusky, Leandro Gabriel; Ruiz Carmona, Sergio; Modenutti, Carlos Pablo; Barril, Xavier; Turjanski, Adrian; et al.; LigQ: A Webserver to Select and Prepare Ligands for Virtual Screening; American Chemical Society; Journal of Chemical Information and Modeling; 57; 8; 8-2017; 1741-1746  
dc.identifier.issn
1549-9596  
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/55495  
dc.description.abstract
Virtual screening is a powerful methodology to search for new small molecule inhibitors against a desired molecular target. Usually, it involves evaluating thousands of compounds (derived from large databases) in order to select a set of potential binders that will be tested in the wet-lab. The number of tested compounds is directly proportional to the cost, and thus, the best possible set of ligands is the one with the highest number of true binders, for the smallest possible compound set size. Therefore, methods that are able to trim down large universal data sets enriching them in potential binders are highly appreciated. Here we present LigQ, a free webserver that is able to (i) determine best structure and ligand binding pocket for a desired protein, (ii) find known binders, as well as potential ligands known to bind to similar protein domains, (iii) most importantly, select a small set of commercial compounds enriched in potential binders, and (iv) prepare them for virtual screening. LigQ was tested with several proteins, showing an impressive capacity to retrieve true ligands from large data sets, achieving enrichment factors of over 10%. LigQ is available at http://ligq.qb.fcen.uba.ar/.  
dc.format
application/pdf  
dc.language.iso
eng  
dc.publisher
American Chemical Society  
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess  
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/  
dc.subject
Quimioinformatica  
dc.subject
Virtual Screening  
dc.subject.classification
Otras Ciencias Químicas  
dc.subject.classification
Ciencias Químicas  
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS  
dc.title
LigQ: A Webserver to Select and Prepare Ligands for Virtual Screening  
dc.type
info:eu-repo/semantics/article  
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo  
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion  
dc.date.updated
2018-08-13T18:33:16Z  
dc.journal.volume
57  
dc.journal.number
8  
dc.journal.pagination
1741-1746  
dc.journal.pais
Estados Unidos  
dc.journal.ciudad
Washington  
dc.description.fil
Fil: Radusky, Leandro Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Ruiz Carmona, Sergio. Universidad de Barcelona; España  
dc.description.fil
Fil: Modenutti, Carlos Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Barril, Xavier. Universidad de Barcelona; España. Catalan Institution for Research and Advanced Studies; España  
dc.description.fil
Fil: Turjanski, Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina  
dc.journal.title
Journal of Chemical Information and Modeling  
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.7b00241  
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.7b00241