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dc.contributor.author
Bustamante, Juan Pablo
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dc.contributor.author
Szretter Noste, María Eugenia
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dc.contributor.author
Sued, Raquel Mariela
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dc.contributor.author
Marti, Marcelo Adrian
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dc.contributor.author
Estrin, Dario Ariel
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dc.contributor.author
Boechi, Leonardo
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dc.date.available
2018-08-13T15:46:59Z
dc.date.issued
2016-06
dc.identifier.citation
Bustamante, Juan Pablo; Szretter Noste, María Eugenia; Sued, Raquel Mariela; Marti, Marcelo Adrian; Estrin, Dario Ariel; et al.; A quantitative model for oxygen uptake and release in a family of hemeproteins; Oxford University Press; Bioinformatics (Oxford, England); 32; 12; 6-2016; 1805-1813
dc.identifier.issn
1367-4803
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/55125
dc.description.abstract
Motivation: Hemeproteins have many diverse functions that largely depend on the rate at which they uptake or release small ligands, like oxygen. These proteins have been extensively studied using either simulations or experiments, albeit only qualitatively and one or two proteins at a time. Results: We present a physical-chemical model, which uses data obtained exclusively from computer simulations, to describe the uptake and release of oxygen in a family of hemeproteins, called truncated hemoglobins (trHbs). Through a rigorous statistical analysis we demonstrate that our model successfully recaptures all the reported experimental oxygen association and dissociation kinetic rate constants, thus allowing us to establish the key factors that determine the rates at which these hemeproteins uptake and release oxygen. We found that internal tunnels as well as the distal site water molecules control ligand uptake, whereas oxygen stabilization by distal site residues controls ligand release. Because these rates largely determine the functions of these hemeproteins, these approaches will also be important tools in characterizing the trHbs members with unknown functions.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Hemeproteins
dc.subject
Uptake And Release Oxygen
dc.subject
Truncated Hemoglobins
dc.subject
Association And Dissociation Kinetic Rate Constants
dc.subject.classification
Otras Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
A quantitative model for oxygen uptake and release in a family of hemeproteins
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-07-16T16:47:13Z
dc.journal.volume
32
dc.journal.number
12
dc.journal.pagination
1805-1813
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Bustamante, Juan Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.description.fil
Fil: Szretter Noste, María Eugenia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Sued, Raquel Mariela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Estrin, Dario Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.description.fil
Fil: Boechi, Leonardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.journal.title
Bioinformatics (Oxford, England)
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw083
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/bioinformatics/article/32/12/1805/1744225
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