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dc.contributor.author
Menéndez, Cintia Anabella
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dc.contributor.author
Accordino, Sebastian Roberto
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dc.contributor.author
Gerbino, Darío César
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dc.contributor.author
Appignanesi, Gustavo Adrian
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dc.date.available
2018-08-06T22:27:32Z
dc.date.issued
2016-10-28
dc.identifier.citation
Menéndez, Cintia Anabella; Accordino, Sebastian Roberto; Gerbino, Darío César; Appignanesi, Gustavo Adrian; Hydrogen bond dynamic propensity studies for protein binding and drug design; Public Library of Science; Plos One; 11; 10; 28-10-2016; 1-12; e0165767
dc.identifier.issn
1932-6203
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/54368
dc.description.abstract
We study the dynamic propensity of the backbone hydrogen bonds of the protein MDM2 (the natural regulator of the tumor suppressor p53) in order to determine its binding properties. This approach is fostered by the observation that certain backbone hydrogen bonds at the p53-binding site exhibit a dynamical propensity in simulations that differs markedly form their state-value (that is, formed/not formed) in the PDB structure of the apo protein. To this end, we conduct a series of hydrogen bond propensity calculations in different contexts: 1) computational alanine-scanning studies of the MDM2-p53 interface; 2) the formation of the complex of MDM2 with the disruptive small molecule Nutlin-3a (dissecting the contribution of the different molecular fragments) and 3) the binding of a series of small molecules (drugs) with different affinities for MDM2. Thus, the relevance of the hydrogen bond propensity analysis for protein binding studies and as a useful tool to complement existing methods for drug design and optimization will be made evident.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Public Library of Science
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
Protein
dc.subject
Drug Design
dc.subject
Binding
dc.subject.classification
Otras Ciencias Químicas
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dc.subject.classification
Ciencias Químicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Hydrogen bond dynamic propensity studies for protein binding and drug design
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-06-28T13:53:27Z
dc.journal.volume
11
dc.journal.number
10
dc.journal.pagination
1-12; e0165767
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.journal.ciudad
San Francisco
dc.description.fil
Fil: Menéndez, Cintia Anabella. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Química del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Química. Instituto de Química del Sur; Argentina
dc.description.fil
Fil: Accordino, Sebastian Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Química del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Química. Instituto de Química del Sur; Argentina
dc.description.fil
Fil: Gerbino, Darío César. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Química del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Química. Instituto de Química del Sur; Argentina
dc.description.fil
Fil: Appignanesi, Gustavo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Química del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Química. Instituto de Química del Sur; Argentina
dc.journal.title
Plos One
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0165767
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0165767
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