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dc.contributor.author
Rucci, Enzo
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dc.contributor.author
García, Carlos
dc.contributor.author
Botella, Guillermo
dc.contributor.author
de Giusti, Armando Eduardo
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dc.contributor.author
Naiouf, Ricardo Marcelo
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dc.contributor.author
Prieto Matías, Manuel
dc.date.available
2018-08-02T18:32:14Z
dc.date.issued
2015-12
dc.identifier.citation
Rucci, Enzo; García, Carlos; Botella, Guillermo; de Giusti, Armando Eduardo; Naiouf, Ricardo Marcelo; et al.; An energy-aware performance analysis of SWIMM: Smith-Waterman implementation on Intel's Multicore and Manycore architectures; John Wiley & Sons Ltd; Concurrency and Computation: Practice and Experience; 27; 18; 12-2015; 5517-5537
dc.identifier.issn
1532-0626
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/53930
dc.description.abstract
Summary Alignment is essential in many areas such as biological, chemical and criminal forensics. The well-known Smith-Waterman (SW) algorithm is able to retrieve the optimal local alignment with quadratic time and space complexity. There are several implementations that take advantage of computing parallelization, such as manycores, FPGAS or GPUS, in order to reduce the alignment effort. In this research, we adapt, develop and tune the SW algorithm named SWIMM on a heterogeneous platform based on Intel's Xeon and Xeon Phi coprocessor. SWIMM is a free tool available in a public git repository https://github.com/enzorucci/SWIMM. We efficiently exploit data and thread-level parallelism, reaching up to 380 GCUPS on heterogeneous architecture, 350 GCUPS for the isolated Xeon and 50 GCUPS on Xeon Phi. Despite the heterogeneous implementation obtaining the best performance, it is also the most energy-demanding. In fact, we also present a trade-off analysis between performance and power consumption. The greenest configuration is based on an isolated multicore system that exploits AVX2 instruction set architecture reaching 1.5 GCUPS/Watts.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
John Wiley & Sons Ltd
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Bioinformatics
dc.subject
Heterogeneous Computing
dc.subject
Hpc
dc.subject
Intel Xeon Phi
dc.subject
Power Consumption
dc.subject
Smith-Waterman
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación
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dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
An energy-aware performance analysis of SWIMM: Smith-Waterman implementation on Intel's Multicore and Manycore architectures
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-07-30T13:48:09Z
dc.journal.volume
27
dc.journal.number
18
dc.journal.pagination
5517-5537
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Rucci, Enzo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Informatica. Instituto de Investigación En Informatica Lidi; Argentina
dc.description.fil
Fil: García, Carlos. Universidad Complutense de Madrid; España
dc.description.fil
Fil: Botella, Guillermo. Universidad Complutense de Madrid; España
dc.description.fil
Fil: de Giusti, Armando Eduardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Informatica. Instituto de Investigación En Informatica Lidi; Argentina
dc.description.fil
Fil: Naiouf, Ricardo Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Informatica. Instituto de Investigación En Informatica Lidi; Argentina
dc.description.fil
Fil: Prieto Matías, Manuel. Universidad Complutense de Madrid; España
dc.journal.title
Concurrency and Computation: Practice and Experience
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://dx.doi.org/10.1002/cpe.3598
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/cpe.3598
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