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dc.contributor.author
Sigaut, Lorena
dc.contributor.author
Villarruel, Cecilia Liliana
dc.contributor.author
Ponce, Maria Laura Ponce
dc.contributor.author
Ponce Dawson, Silvina Martha
dc.date.available
2018-07-16T16:50:58Z
dc.date.issued
2017-06
dc.identifier.citation
Sigaut, Lorena; Villarruel, Cecilia Liliana; Ponce, Maria Laura Ponce; Ponce Dawson, Silvina Martha; Fluorescence correlation spectroscopy experiments to quantify free diffusion coefficients in reaction-diffusion systems: The case of Ca 2 + and its dyes; American Physical Society; Physical Review E; 95; 6; 6-2017; 1-15
dc.identifier.issn
2470-0053
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/52188
dc.description.abstract
Many cell signaling pathways involve the diffusion of messengers that bind and unbind to and from intracellular components. Quantifying their net transport rate under different conditions then requires having separate estimates of their free diffusion coefficient and binding or unbinding rates. In this paper, we show how performing sets of fluorescence correlation spectroscopy (FCS) experiments under different conditions, it is possible to quantify free diffusion coefficients and on and off rates of reaction-diffusion systems. We develop the theory and present a practical implementation for the case of the universal second messenger, calcium (Ca2+) and single-wavelength dyes that increase their fluorescence upon Ca2+ binding. We validate the approach with experiments performed in aqueous solutions containing Ca2+ and Fluo4 dextran (both in its high and low affinity versions). Performing FCS experiments with tetramethylrhodamine-dextran in Xenopus laevis oocytes, we infer the corresponding free diffusion coefficients in the cytosol of these cells. Our approach can be extended to other physiologically relevant reaction-diffusion systems to quantify biophysical parameters that determine the dynamics of various variables of interest.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
American Physical Society
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Reaction-Diffusion
dc.subject
Calcium
dc.subject
Fluorescence Correlation Spectroscopy
dc.subject.classification
Astronomía
dc.subject.classification
Ciencias Físicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Fluorescence correlation spectroscopy experiments to quantify free diffusion coefficients in reaction-diffusion systems: The case of Ca 2 + and its dyes
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-07-11T17:36:10Z
dc.journal.volume
95
dc.journal.number
6
dc.journal.pagination
1-15
dc.journal.pais
Estados Unidos
dc.journal.ciudad
Nueva York
dc.description.fil
Fil: Sigaut, Lorena. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Física; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Física; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Física de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Física de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Villarruel, Cecilia Liliana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Física de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Física de Buenos Aires; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Física de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Física de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ponce, Maria Laura Ponce. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Física de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Física de Buenos Aires; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Física de Buenos Aires. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Física de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ponce Dawson, Silvina Martha. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Física; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Física; Argentina
dc.journal.title
Physical Review E
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevE.95.062408
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.95.062408
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