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dc.contributor.author Forneris, Natalia Soledad
dc.contributor.author Steibel, J. P.
dc.contributor.author Legarra, Andres
dc.contributor.author Vitezica, Zulma G.
dc.contributor.author Bates, R. O.
dc.contributor.author Ernst, C. W.
dc.contributor.author Basso Abraham, Alicia Leonor Rufina
dc.contributor.author Cantet, Rodolfo Juan Carlos
dc.date.available 2018-07-03T18:53:30Z
dc.date.issued 2016-12
dc.identifier.citation Forneris, Natalia Soledad; Steibel, J. P.; Legarra, Andres; Vitezica, Zulma G.; Bates, R. O.; et al.; A comparison of methods to estimate genomic relationships using pedigree and markers in livestock populations; Wiley Blackwell Publishing, Inc; Journal Of Animal Breeding And Genetics-zeitschrift Fur Tierzuchtung Und Zuchtungsbiologie; 133; 6; 12-2016; 452-462
dc.identifier.issn 0931-2668
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/11336/51073
dc.description.abstract Accurate prediction of breeding values depends on capturing the variability in genome sharing of relatives with the same pedigree relationship. Here, we compare two approaches to set up genomic relationship matrices for precision of genomic relationships (GR) and accuracy of estimated breeding values (GEBV). Real and simulated data (pigs, 60k SNP) were analysed, and GR were estimated using two approaches: (i) identity by state, corrected with either the observed (GVR -O) or the base population (GVR -B) allele frequencies and (ii) identity by descent using linkage analysis (GIBD -L). Estimators were evaluated for precision and empirical bias with respect to true pedigree IBD GR. All three estimators had very low bias. GIBD -L displayed the lowest sampling error and the highest correlation with true genome-shared values. GVR -B approximated GIBD -L's correlation and had lower error than GVR -O. Accuracy of GEBV for selection candidates was significantly higher when GIBD -L was used and identical between GVR -O and GVR -B. In real data, GIBD -L's sampling standard deviation was the closest to the theoretical value for each pedigree relationship. Use of pedigree to calculate GR improved the precision of estimates and the accuracy of GEBV.
dc.format application/pdf
dc.language.iso eng
dc.publisher Wiley Blackwell Publishing, Inc
dc.rights info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject Accuracy
dc.subject Genomic prediction
dc.subject Genome sharing
dc.subject Identity by descent
dc.subject SNP
dc.subject.classification Otras Producción Animal y Lechería
dc.subject.classification Producción Animal y Lechería
dc.subject.classification CIENCIAS AGRÍCOLAS
dc.title A comparison of methods to estimate genomic relationships using pedigree and markers in livestock populations
dc.type info:eu-repo/semantics/article
dc.type info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated 2018-06-22T14:36:17Z
dc.identifier.eissn 1439-0388
dc.journal.volume 133
dc.journal.number 6
dc.journal.pagination 452-462
dc.journal.pais Reino Unido
dc.journal.ciudad Londres
dc.description.fil Fil: Forneris, Natalia Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Veterinarias. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Departamento de Producción Animal; Argentina
dc.description.fil Fil: Steibel, J. P.. Michigan State University; Estados Unidos
dc.description.fil Fil: Legarra, Andres. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia
dc.description.fil Fil: Vitezica, Zulma G.. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia. Instituto Polytechnique de Toulouse; Francia
dc.description.fil Fil: Bates, R. O.. Michigan State University; Estados Unidos
dc.description.fil Fil: Ernst, C. W.. Michigan State University; Estados Unidos
dc.description.fil Fil: Basso Abraham, Alicia Leonor Rufina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomia. Departamento de Biología Aplicada y Alimentos; Argentina
dc.description.fil Fil: Cantet, Rodolfo Juan Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Veterinarias. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Departamento de Producción Animal; Argentina
dc.journal.title Journal Of Animal Breeding And Genetics-zeitschrift Fur Tierzuchtung Und Zuchtungsbiologie
dc.relation.alternativeid info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1111/jbg.12217
dc.relation.alternativeid info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/jbg.12217
dc.conicet.fuente unificacion


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    Articulos de UNIDAD EJECUTORA DE INVESTIGACIONES EN PRODUCCION ANIMAL

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