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dc.contributor.author
Forneris, Natalia Soledad
dc.contributor.author
Steibel, J. P.
dc.contributor.author
Legarra, Andres
dc.contributor.author
Vitezica, Zulma G.
dc.contributor.author
Bates, R. O.
dc.contributor.author
Ernst, C. W.
dc.contributor.author
Basso Abraham, Alicia Leonor Rufina
dc.contributor.author
Cantet, Rodolfo Juan Carlos
dc.date.available
2018-07-03T18:53:30Z
dc.date.issued
2016-12
dc.identifier.citation
Forneris, Natalia Soledad; Steibel, J. P.; Legarra, Andres; Vitezica, Zulma G.; Bates, R. O.; et al.; A comparison of methods to estimate genomic relationships using pedigree and markers in livestock populations; Wiley Blackwell Publishing, Inc; Journal Of Animal Breeding And Genetics-zeitschrift Fur Tierzuchtung Und Zuchtungsbiologie; 133; 6; 12-2016; 452-462
dc.identifier.issn
0931-2668
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/51073
dc.description.abstract
Accurate prediction of breeding values depends on capturing the variability in genome sharing of relatives with the same pedigree relationship. Here, we compare two approaches to set up genomic relationship matrices for precision of genomic relationships (GR) and accuracy of estimated breeding values (GEBV). Real and simulated data (pigs, 60k SNP) were analysed, and GR were estimated using two approaches: (i) identity by state, corrected with either the observed (GVR -O) or the base population (GVR -B) allele frequencies and (ii) identity by descent using linkage analysis (GIBD -L). Estimators were evaluated for precision and empirical bias with respect to true pedigree IBD GR. All three estimators had very low bias. GIBD -L displayed the lowest sampling error and the highest correlation with true genome-shared values. GVR -B approximated GIBD -L's correlation and had lower error than GVR -O. Accuracy of GEBV for selection candidates was significantly higher when GIBD -L was used and identical between GVR -O and GVR -B. In real data, GIBD -L's sampling standard deviation was the closest to the theoretical value for each pedigree relationship. Use of pedigree to calculate GR improved the precision of estimates and the accuracy of GEBV.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Wiley Blackwell Publishing, Inc
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Accuracy
dc.subject
Genomic Prediction
dc.subject
Genome Sharing
dc.subject
Identity by Descent
dc.subject
Snp
dc.subject.classification
Otras Producción Animal y Lechería
dc.subject.classification
Producción Animal y Lechería
dc.subject.classification
CIENCIAS AGRÍCOLAS
dc.title
A comparison of methods to estimate genomic relationships using pedigree and markers in livestock populations
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-06-22T14:36:17Z
dc.identifier.eissn
1439-0388
dc.journal.volume
133
dc.journal.number
6
dc.journal.pagination
452-462
dc.journal.pais
Reino Unido
dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Forneris, Natalia Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Veterinarias. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Departamento de Producción Animal; Argentina
dc.description.fil
Fil: Steibel, J. P.. Michigan State University; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Legarra, Andres. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia
dc.description.fil
Fil: Vitezica, Zulma G.. Institut National de la Recherche Agronomique; Francia. Instituto Polytechnique de Toulouse; Francia
dc.description.fil
Fil: Bates, R. O.. Michigan State University; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Ernst, C. W.. Michigan State University; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Basso Abraham, Alicia Leonor Rufina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomia. Departamento de Biología Aplicada y Alimentos; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cantet, Rodolfo Juan Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Veterinarias. Unidad Ejecutora de Investigaciones en Producción Animal; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Departamento de Producción Animal; Argentina
dc.journal.title
Journal Of Animal Breeding And Genetics-zeitschrift Fur Tierzuchtung Und Zuchtungsbiologie
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1111/jbg.12217
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/jbg.12217


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