Show simple item record

dc.contributor.author Ortiz, Juan Pablo Amelio
dc.contributor.author Revale, Santiago
dc.contributor.author Siena, Lorena Adelina
dc.contributor.author Podio, Maricel
dc.contributor.author Delgado Benarroch, Luciana
dc.contributor.author Stein, Juliana
dc.contributor.author Leblanc, Olivier
dc.contributor.author Pessino, Silvina Claudia
dc.date.available 2018-06-28T15:07:38Z
dc.date.issued 2017-04
dc.identifier.citation Ortiz, Juan Pablo Amelio; Revale, Santiago; Siena, Lorena Adelina; Podio, Maricel; Delgado Benarroch, Luciana; et al.; A reference floral transcriptome of sexual and apomictic Paspalum notatum; BioMed Central; BMC Genomics; 18; 1; 4-2017; 1-14
dc.identifier.issn 1471-2164
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/11336/50346
dc.description.abstract Background: Paspalum notatum Flügge is a subtropical grass native to South America, which includes sexual diploid and apomictic polyploid biotypes. In the past decade, a number of apomixis-associated genes were discovered in this species through genetic mapping and differential expression surveys. However, the scarce information on Paspalum sequences available in public databanks limited annotations and functional predictions for these candidates. Results: We used a long-read 454/Roche FLX+ sequencing strategy to produce robust reference transcriptome datasets from florets of sexual and apomictic Paspalum notatum genotypes and delivered a list of transcripts showing differential representation in both reproductive types. Raw data originated from floral samples collected from premeiosis to anthesis was assembled in three libraries: i) sexual (SEX), ii) apomictic (APO) and iii) global (SEX + APO). A group of physically-supported Paspalum mRNA and EST sequences matched with high level of confidence to both sexual and apomictic libraries. A preliminary trial allowed discovery of the whole set of putative alleles/paralogs corresponding to 23 previously identified apomixis-associated candidate genes. Moreover, a list of 3,732 transcripts and several co-expression and protein -protein interaction networks associated with apomixis were identified. Conclusions: The use of the 454/Roche FLX+ transcriptome database will allow the detailed characterization of floral alleles/paralogs of apomixis candidate genes identified in prior and future work. Moreover, it was used to reveal additional candidate genes differentially represented in apomictic and sexual flowers. Gene ontology (GO) analyses of this set of transcripts indicated that the main molecular pathways altered in the apomictic genotype correspond to specific biological processes, like biotic and abiotic stress responses, growth, development, cell death and senescence. This data collection will be of interest to the plant reproduction research community and, particularly, to Paspalum breeding projects.
dc.format application/pdf
dc.language.iso eng
dc.publisher BioMed Central
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject APOMIXIS
dc.subject NEXT GENERATION SEQUENCING
dc.subject PLANT REPRODUCTION
dc.subject SEXUAL REPRODUCTION
dc.subject TRANSCRIPTOMICS
dc.subject.classification Agricultura
dc.subject.classification Agricultura, Silvicultura y Pesca
dc.subject.classification CIENCIAS AGRÍCOLAS
dc.title A reference floral transcriptome of sexual and apomictic Paspalum notatum
dc.type info:eu-repo/semantics/article
dc.type info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated 2018-06-26T22:26:38Z
dc.journal.volume 18
dc.journal.number 1
dc.journal.pagination 1-14
dc.journal.pais Reino Unido
dc.journal.ciudad Londres
dc.description.fil Fil: Ortiz, Juan Pablo Amelio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina
dc.description.fil Fil: Revale, Santiago. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentina. Wellcome Trust Centre for Human Genetics; Reino Unido
dc.description.fil Fil: Siena, Lorena Adelina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina
dc.description.fil Fil: Podio, Maricel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina
dc.description.fil Fil: Delgado Benarroch, Luciana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina
dc.description.fil Fil: Stein, Juliana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina
dc.description.fil Fil: Leblanc, Olivier. Centre National de la Recherche Scientifique. Institut de Recherche pour le Développement; Francia
dc.description.fil Fil: Pessino, Silvina Claudia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Laboratorio de Biología Molecular; Argentina
dc.journal.title BMC Genomics
dc.relation.alternativeid info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3700-z
dc.relation.alternativeid info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1186/s12864-017-3700-z
dc.conicet.fuente Crossref


Archivos asociados

This item appears in the following Collection(s)

  • Articulos(IICAR) [47]
    Articulos de INST. DE INVESTIGACIONES EN CIENCIAS AGRARIAS DE ROSARIO

Show simple item record

info:eu-repo/semantics/openAccess Excepto donde se diga explícitamente, este item se publica bajo la siguiente descripción: Creative Commons Attribution 2.5 Unported (CC BY 2.5)