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dc.contributor.author
Rucci, Enzo
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dc.contributor.author
Garcia, Carlos
dc.contributor.author
Botella, Guillermo
dc.contributor.author
de Giusti, Armando Eduardo
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dc.contributor.author
Naiouf, Ricardo Marcelo
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dc.contributor.author
Prieto Matias, Manuel
dc.date.available
2018-06-15T17:19:12Z
dc.date.issued
2018-05
dc.identifier.citation
Rucci, Enzo; Garcia, Carlos; Botella, Guillermo; de Giusti, Armando Eduardo; Naiouf, Ricardo Marcelo; et al.; OSWALD: OpenCL Smith-Waterman on Altera’s FPGA for Large Protein Databases; SAGE Publications; International Journal Of High Performance Computing Applications; 32; 3; 5-2018; 337-350
dc.identifier.issn
1094-3420
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/48798
dc.description.abstract
The well-known Smith–Waterman algorithm is a high-sensitivity method for local sequence alignment. Unfortunately, the Smith–Waterman algorithm has quadratic time complexity, which makes it computationally demanding for large protein databases. In this paper, we present OSWALD, a portable, fully functional and general implementation to accelerate Smith–Waterman database searches in heterogeneous platforms based on Altera’s FPGA. OSWALD exploits OpenMP multithreading and SIMD computing through SSE and AVX2 extensions on the host while taking advantage of pipeline and vectorial parallelism by way of OpenCL on the FPGAs. Performance evaluations on two different heterogeneous architectures with real amino acid datasets show that OSWALD is competitive in comparison with other top-performing Smith–Waterman implementations, attaining up to 442 GCUPS peak with the best GCUPS/watts ratio.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
SAGE Publications
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Altera
dc.subject
Bioinformatics
dc.subject
Fpga
dc.subject
Opencl
dc.subject
Smith–Waterman
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación
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dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
OSWALD: OpenCL Smith-Waterman on Altera’s FPGA for Large Protein Databases
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-06-13T14:57:04Z
dc.journal.volume
32
dc.journal.number
3
dc.journal.pagination
337-350
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.description.fil
Fil: Rucci, Enzo. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Informatica. Instituto de Investigación En Informatica Lidi; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Garcia, Carlos. Universidad Complutense de Madrid; España
dc.description.fil
Fil: Botella, Guillermo. Universidad Complutense de Madrid; España
dc.description.fil
Fil: de Giusti, Armando Eduardo. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Informatica. Instituto de Investigación En Informatica Lidi; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Naiouf, Ricardo Marcelo. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Informatica. Instituto de Investigación En Informatica Lidi; Argentina
dc.description.fil
Fil: Prieto Matias, Manuel. Universidad Complutense de Madrid; España
dc.journal.title
International Journal Of High Performance Computing Applications
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1177/1094342016654215
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://journals.sagepub.com/doi/10.1177/1094342016654215
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