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dc.contributor.author
Di Pietro, Santiago M.
dc.contributor.author
Centeno, Juan M.
dc.contributor.author
Cerutti, Maria Laura
dc.contributor.author
Lodeiro, Maria Fernanda
dc.contributor.author
Ferreiro, Diego
dc.contributor.author
Alonso, Leonardo Gabriel
dc.contributor.author
Schwarz, Frederick P.
dc.contributor.author
Goldbaum, Fernando Alberto
dc.contributor.author
de Prat Gay, Gonzalo
dc.date.available
2018-04-26T18:50:41Z
dc.date.issued
2003-12
dc.identifier.citation
Di Pietro, Santiago M.; Centeno, Juan M.; Cerutti, Maria Laura; Lodeiro, Maria Fernanda; Ferreiro, Diego; et al.; Specific antibody-DNA interaction: a novel strategy for tight DNA recognition.; American Chemical Society; Biochemistry; 42; 20; 12-2003; 6218-6227
dc.identifier.issn
0006-2960
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/43575
dc.description.abstract
Anti-double-stranded DNA monoclonal antibodies against a viral transcriptional regulatory site are capable of discriminating single-base replacements with affinities of 1 x 10(-9) M, which were optimized for the length of the duplex used as the immunogen. Their affinity for DNA duplexes of increasing length is lower, but reaches a plateau at 2 x 10(-8) M, still a fairly high affinity compared to those of most known natural anti-DNA antibodies. The ability of the antibodies to bind to a 166 bp DNA fragment containing the specific sequence strongly suggests that these have the potential of binding the specific sequence within larger genomic DNA fragments. Electrostatic interactions do not play a significant role, the opposite of what is observed in natural DNA binding interfaces. In addition, the insensitivity of the antibody-DNA interaction to solute effects is indicative of a marginal participation of water molecules at the interface compared to the level of participation at the natural E2-DNA interface. Spectroscopic evidence of base unstacking strongly suggests substantial denaturation of antibody-bound DNA, in agreement with thermodynamic results that show an unusual positive heat capacity change, which could be explained at least in part by the exposure of DNA bases upon binding. Lower local DNA stability cooperates with sequence recognition in producing the highest binding affinity. A slow rate of antibody-DNA association indicates an energy barrier imposed by conformational rearrangements, as opposed to an electrostatically assisted diffusion-controlled collision in the E2 DNA binding domain. While the E2-DNA interaction takes place through a typical direct readout mechanism, the anti-double-stranded DNA monoclonal antibody-DNA interaction could be viewed as a distinctive case of indirect readout with a significant distortion in the DNA conformation. However, the precise mechanism with which the DNA bases are accommodated in the antibody combining site will require structural analysis at atomic resolution. These results constitute a first stage for unveiling the unusual molecular recognition mechanism of a specific DNA sequence by antibodies. This mechanism could represent the strategy with which the immune system tightly and specifically recognizes a DNA antigen.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
American Chemical Society
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Anti-Dna
dc.subject
Affinity
dc.subject
Viral Protein
dc.subject
Recognition
dc.subject.classification
Biofísica
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.subject.classification
Biofísica
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Specific antibody-DNA interaction: a novel strategy for tight DNA recognition.
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-04-10T13:40:24Z
dc.identifier.eissn
1520-4995
dc.journal.volume
42
dc.journal.number
20
dc.journal.pagination
6218-6227
dc.journal.pais
Estados Unidos
dc.journal.ciudad
Washington
dc.description.fil
Fil: Di Pietro, Santiago M.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Centeno, Juan M.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cerutti, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lodeiro, Maria Fernanda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ferreiro, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Alonso, Leonardo Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Schwarz, Frederick P.. National Institute of Standards and Technology; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Goldbaum, Fernando Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: de Prat Gay, Gonzalo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.journal.title
Biochemistry
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/bi026866u
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1021/bi026866u
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