Neurofibromatosis type 1: Splicing mutation detected by MLPA and DNA sequencing in Argentina

Abstract

La neurofibromatosis tipo 1 (NF1) es un desorden genético autosómico dominante, con una prevalenciade 1 en 2500-3000 nacidos vivos. La dificultad diagnóstica se debe al tamaño extenso delgen NF1 con pocos sitios hot-spot, la ausencia de una clara relación genotipo-fenotipo y rasgos clínicos conun espectro muy heterogéneo. Un caso sospechoso de NF1 procedente de la provincia de Jujuy fue analizadopor MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification) en nuestro laboratorio. Mujer, adolescente mestiza(Amerindia/Europea), con un osteoma maxilar, lordosis lumbar, neurofibromas cutáneos y manchas café conleche. Por MLPA se detectó una alteración en el exón 13 del gen NF1. Por secuenciación del exón 13 se identificóuna mutación ?missense? en la posición 1466 del ARNm (NM_000267.3:c.1466A>G) que introduce un sitio desplicing aberrante. La patogenicidad de la mutación fue corroborada en la base de datos de variantes clínicasdel National Center for Biotechnology Information. En nuestro conocimiento, este es el primer registro de unamutación NF1 en un paciente proveniente de poblaciones mestizas del Noroeste Argentino. La alteración hasido reportada en individuos de otras poblaciones de origen muy disímil al del caso presentado, como la europea,sugiriendo que el sitio podría considerarse un sitio hot-spot del gen. Donde exista baja disponibilidad dediagnósticos moleculares, como en nuestro caso, se puede aplicar un algoritmo que comience por el estudio delgen NF1 por MLPA, metodología relativamente sencilla y de costo accesible. Con ella se evita enviar muestrasal extranjero para análisis genéticos.

Neurofibromatosis type 1 (NF1) is a dominant autosomic genetic disorder, with a birth incidence of 1 in 2500-3000. Diagnosis is difficult because of the size of gene NF1 that has few hot-spots sites, the absence of a clear genotype-phenotype relation, and a heterogeneous clinical manifestation. A NF1 suspected case from Jujuy province was analyzed by multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Mestizo female teenage (Amerindian/European), with a maxilar osteoma, lumbar lordosis, cutaneous neurofibromas and café au lait spots. MLPA detected an alteration in exon 13 of the NF1 gene. By sequencing of exon 13, a missense mutation (NM_000267.3:c.1466A>G) was found which introduces an aberrant splicing site and is registered as pathogenic in the clinical variants database of NCBI. As far as we are aware, this is the first report of a NF1 mutation in mestizo population of Northwest Argentina. 1466A>G has been described before in patients of European origin, suggesting that the affected site could be a hot-spot site of the gene. For countries as Argentina, with limited availability of molecular diagnostic methods, we propose a diagnosis algorithm by starting the mutational analysis of NF1 with MLPA. This methodology is relatively simple and of low cost, avoiding to send samples abroad for genetic analyses.