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dc.contributor.author
Gonzalez, Sergio
dc.contributor.author
Clavijo, Bernardo
dc.contributor.author
Rivarola, Maximo Lisandro
dc.contributor.author
Moreno, Patricio
dc.contributor.author
Fernández, Paula del Carmen
dc.contributor.author
Dopazo, Joaquín
dc.contributor.author
Paniego, Norma Beatriz
dc.date.available
2018-03-12T21:15:27Z
dc.date.issued
2017-02
dc.identifier.citation
Gonzalez, Sergio; Clavijo, Bernardo; Rivarola, Maximo Lisandro; Moreno, Patricio; Fernández, Paula del Carmen; et al.; ATGC transcriptomics: A web-based application to integrate, explore and analyze de novo transcriptomic data; BioMed Central; Bmc Bioinformatics; 18; 1; 2-2017; 121-130
dc.identifier.issn
1471-2105
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/38625
dc.description.abstract
Background: In the last years, applications based on massively parallelized RNA sequencing (RNA-seq) have become valuable approaches for studying non-model species, e.g., without a fully sequenced genome. RNA-seq is a useful tool for detecting novel transcripts and genetic variations and for evaluating differential gene expression by digital measurements. The large and complex datasets resulting from functional genomic experiments represent a challenge in data processing, management, and analysis. This problem is especially significant for small research groups working with non-model species. Results: We developed a web-based application, called ATGC transcriptomics, with a flexible and adaptable interface that allows users to work with new generation sequencing (NGS) transcriptomic analysis results using an ontology-driven database. This new application simplifies data exploration, visualization, and integration for a better comprehension of the results. Conclusions: ATGC transcriptomics provides access to non-expert computer users and small research groups to a scalable storage option and simple data integration, including database administration and management. The software is freely available under the terms of GNU public license at http://atgcinta.sourceforge.net.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
BioMed Central
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
Data Integration
dc.subject
De Novo Transcriptomics
dc.subject
Ontology Storage
dc.subject
Web Application
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
ATGC transcriptomics: A web-based application to integrate, explore and analyze de novo transcriptomic data
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-03-12T19:28:23Z
dc.journal.volume
18
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
121-130
dc.journal.pais
Reino Unido
dc.journal.ciudad
Londres
dc.description.fil
Fil: Gonzalez, Sergio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Clavijo, Bernardo. Earlham Institute; Reino Unido
dc.description.fil
Fil: Rivarola, Maximo Lisandro. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Moreno, Patricio. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ingeniería; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Saavedra 15. Instituto Argentino de Matemática Alberto Calderón; Argentina
dc.description.fil
Fil: Fernández, Paula del Carmen. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de San Martín. Escuela de Ciencia y Tecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Dopazo, Joaquín. Centro de Investigación Príncipe Felipe; España
dc.description.fil
Fil: Paniego, Norma Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
dc.journal.title
Bmc Bioinformatics
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1494-2
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1186/s12859-017-1494-2
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