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dc.contributor.author
Ezpeleta, Joaquin
dc.contributor.author
Krsticevic, Flavia Jorgelina
dc.contributor.author
Bulacio, Pilar Estela
dc.contributor.author
Tapia Paredes, Elizabeth
dc.date.available
2018-03-12T20:58:23Z
dc.date.issued
2016-06
dc.identifier.citation
Ezpeleta, Joaquin; Krsticevic, Flavia Jorgelina; Bulacio, Pilar Estela; Tapia Paredes, Elizabeth; Designing robust watermark barcodes for multiplex long-read sequencing; Oxford University Press; Bioinformatics (Oxford, England); 33; 6; 6-2016; 807-813
dc.identifier.issn
1367-4803
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/38623
dc.description.abstract
Motivation: To attain acceptable sample misassignment rates, current approaches to multiplex single-molecule real-time sequencing require upstream quality improvement, which is obtained from multiple passes over the sequenced insert and significantly reduces the effective read length. In order to fully exploit the raw read length on multiplex applications, robust barcodes capable of dealing with the full single-pass error rates are needed. Results: We present a method for designing sequencing barcodes that can withstand a large number of insertion, deletion and substitution errors and are suitable for use in multiplex single-molecule real-time sequencing. The manuscript focuses on the design of barcodes for full-length single-pass reads, impaired by challenging error rates in the order of 11%. The proposed barcodes can multiplex hundreds or thousands of samples while achieving sample misassignment probabilities as low as 10-7 under the above conditions, and are designed to be compatible with chemical constraints imposed by the sequencing process.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Barcodes
dc.subject
Multiplexing
dc.subject
Watermark
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Designing robust watermark barcodes for multiplex long-read sequencing
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2018-03-12T19:24:03Z
dc.journal.volume
33
dc.journal.number
6
dc.journal.pagination
807-813
dc.journal.pais
Reino Unido
dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Ezpeleta, Joaquin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Krsticevic, Flavia Jorgelina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Bulacio, Pilar Estela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Tapia Paredes, Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas. Universidad Nacional de Rosario. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina
dc.journal.title
Bioinformatics (Oxford, England)
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw322
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/6/807/2525586
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://arxiv.org/abs/1604.01344
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