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dc.contributor.author
Butti, Matias B.
dc.contributor.author
Chanfreau, Hernán
dc.contributor.author
Martinez, Diego
dc.contributor.author
García, Diego
dc.contributor.author
Lacunza, Ezequiel
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dc.contributor.author
Abba, Martín Carlos
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dc.date.available
2017-12-22T19:06:47Z
dc.date.issued
2014-02
dc.identifier.citation
Butti, Matias B.; Chanfreau, Hernán; Martinez, Diego; García, Diego; Lacunza, Ezequiel; et al.; BioPlat: a software for human cancer biomarker discovery; Oxford University Press; Bioinformatics (Oxford, England); 30; 12; 2-2014; 1782-1784
dc.identifier.issn
1367-4803
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/31415
dc.description.abstract
Development of effective tools such as oligo-microarrays and next-generation sequencing methods for monitoring gene expression on a large scale has resulted in the discovery of gene signatures with prognostic/predictive value in various malignant neoplastic diseases. However, with the exponential growth of gene expression databases, biologists are faced with the challenge of extracting useful information from these repositories. Here, we present a software package, BioPlat (Biomarkers Platform), which allows biologists to identify novel prognostic and predictive cancer biomarkers based on the data mining of gene expression signatures and gene expression profiling databases. BioPlat has been designed as an easy-to-use and flexible desktop software application, which provides a set of analytical tools related to data extraction, preprocessing, filtering, gene expression signature calculation, in silico validation, feature selection and annotation that leverage the integration and reuse of gene expression signatures in the context of follow-up data.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Gene
dc.subject
Expression
dc.subject
Biomarker
dc.subject
Discovery
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación
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dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
BioPlat: a software for human cancer biomarker discovery
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-12-21T20:00:40Z
dc.journal.volume
30
dc.journal.number
12
dc.journal.pagination
1782-1784
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Butti, Matias B.. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Chanfreau, Hernán. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Martinez, Diego. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: García, Diego. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lacunza, Ezequiel. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Abba, Martín Carlos. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.journal.title
Bioinformatics (Oxford, England)
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu111
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/bioinformatics/article/30/12/1782/382483
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