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dc.contributor.author
Ramírez, Claudia Lilián
dc.contributor.author
Zeida Camacho, Ari Fernando
dc.contributor.author
Jara, Gabriel Ernesto
dc.contributor.author
Roitberg, Adrián
dc.contributor.author
Marti, Marcelo Adrian
dc.date.available
2017-12-14T18:53:48Z
dc.date.issued
2014-01
dc.identifier.citation
Ramírez, Claudia Lilián; Zeida Camacho, Ari Fernando; Jara, Gabriel Ernesto; Roitberg, Adrián; Marti, Marcelo Adrian; Improving Efficiency in SMD Simulations Through a Hybrid Differential Relaxation Algorithm; American Chemical Society; Journal of Chemical Theory and Computation; 10; 10; 1-2014; 4609-4617
dc.identifier.issn
1549-9618
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/30686
dc.description.abstract
The fundamental object for studying a (bio)chemical reaction obtained from simulations is the free energy profile, which can be directly related to experimentally determined properties. Although quite accurate hybrid quantum (DFT based)-classical methods are available, achieving statistically accurate and well converged results at a moderate computational cost is still an open challenge. Here, we present and thoroughly test a hybrid differential relaxation algorithm (HyDRA), which allows faster equilibration of the classical environment during the nonequilibrium steering of a (bio)chemical reaction. We show and discuss why (in the context of Jarzynski’s Relationship) this method allows obtaining accurate free energy profiles with smaller number of independent trajectories and/or faster pulling speeds, thus reducing the overall computational cost. Moreover, due to the availability and straightforward implementation of the method, we expect that it will foster theoretical studies of key enzymatic processes.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
American Chemical Society
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Free Energy
dc.subject
Jarzynski Relationship
dc.subject
Non-Equilibrium Dynamics
dc.subject
Multiple Time Step
dc.subject.classification
Otras Ciencias Químicas
dc.subject.classification
Ciencias Químicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Improving Efficiency in SMD Simulations Through a Hybrid Differential Relaxation Algorithm
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-12-12T18:57:06Z
dc.journal.volume
10
dc.journal.number
10
dc.journal.pagination
4609-4617
dc.journal.pais
Estados Unidos
dc.journal.ciudad
Washington
dc.description.fil
Fil: Ramírez, Claudia Lilián. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.description.fil
Fil: Zeida Camacho, Ari Fernando. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.description.fil
Fil: Jara, Gabriel Ernesto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.description.fil
Fil: Roitberg, Adrián. University of Florida; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina
dc.journal.title
Journal of Chemical Theory and Computation
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1021/ct500672d
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://pubs.acs.org/doi/10.1021/ct500672d


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