Estudio del efecto antinflamatorio de los componentes de C. citratus mediante el Cribado Virtual sobre la red biológica de la enfermedad de Chagas

Abstract

Introducción: La enfermedad de Chagas (Ech) causada por Trypanosoma cruzi dispone de tratamientos poco efectivos durante la fase crónica, etapa donde extractos de Cymbopogon citratus (CC) han demostrado ser efectivos. Objetivo: Comprender los mecanismos moleculares de la acción antiinflamatoria del extracto de CC en la miocardiopatía chagásica, mediante docking molecular sobre los Hubs de las redes de interacciones proteína-proteína (PPI) asociadas a la ECh. Materiales y métodos: Se utilizó el dataset GSE41089 constituido por datos de expresión génica en corazón de ratones infectados con T.cruzi. El procesado, expresión diferencial, enriquecimiento de Ontología génica (GO) y pathways e interacciones proteína-proteína (PPI) fueron obtenidos con Oligo, LIMMA, TopGO, SPIA y STRINGdb respectivamente, disponibles en Bioconductor. Las estructuras fueron obtenidas de Protein Data Bank y AlphaFold DB, mientras que los compuestos de CC mediante revisión bibliográfica. El docking molecular fue realizado con Autodock-vina y las dinámicas moleculares (DM) con AMBER16. Resultados: El enriquecimiento funcional de genes sobreexpresados del dataset GSE41089 (logFold-Change>1 y p-valor ajustado<0,05) priorizó los términos GO asociados con respuesta inmune innata y las vías biológicas relacionadas con la liberación de citoquinas. La PPI construida con genes de los pathways más enriquecidos priorizó blancos moleculares sobre los cuales se realizó docking inverso de componentes de CC. Entre los complejos compuesto-proteína, destaca Nerolidol unidos a PTGS2, con una Gbind similar a inhibidores específicos como diclofenac e ibuprofeno. Conclusiones: La combinación de farmacología en red con docking molecular para el cribado virtual de datos ómicos resulta una estrategia prometedora para comprender la acción de extractos vegetales contra Ech y permitirá buscar tratamientos más efectivos para la misma.