Extracción de ADN y amplificación de microsatélites de Lycalopex gymnocercus: desempeño de muestras de pieles y huesos depositados en colecciones biológicas

Abstract

Los avances en genética molecular y tecnología de secuenciación han promovido el uso del ADN de especímenes históricos, transformando las Colecciones de Historia Natural (CdHN) en fuentes de material de valor incalculable para investigar cuestiones relacionadas con la genética en diferentes campos, como la filogenética, la biogeografía y la conservación. Frente a la creciente demanda de muestreo por parte de investigadores en las CdHN, resulta esencial alcanzar un consenso sobre qué tejidos históricos presentan las mejores fuentes de ADN, para de esta manera preservar los ejemplares allí depositados. En este estudio, evaluamos el rendimiento de diferentes tejidos de zorro gris pampeano. Con este fin se visitaron diferentes CdHN y se analizaron muestras de 57 ejemplares (huesos: 36, cueros: 21) depositados en dichas colecciones en el periodo 1930-2022. El ADN se extrajo utilizando un protocolo específicamente diseñado para este tipo de muestras, y se cuantificó por medio de fluorometría. El éxito se evaluó mediante la amplificación de un panel de 21 microsatélites ya testeados en la especie. La concentración media del ADN extraído de las muestras procesadas fue de 14,8 ng/ul (rango: 0,28-105) y se obtuvo el genotipo del 43,8% (cueros= 4; huesos= 21) de ellas. Se ajustaron diferentes GLMs de tipo binomial para evaluar el efecto del tipo de tejido, antigüedad de la muestra, y concentración del ADN sobre el éxito del genotipado (variable de respuesta). Los modelos generados combinando las variables predictoras se ranquearon utilizando el AICc. El modelo que resultó con menor AICc fue el que sólo incorporó la variable tipo de tejido. Nuestros análisis revelaron que ni la concentración de ADN ni la antigüedad de la muestra resultaron buenos predictores en el éxito de genotipado, mientras que las muestras óseas tuvieron un rendimiento estadísticamente superior al de los cueros. Los tratamientos químicos frecuentemente utilizados en las CdHN para el curtido de las pieles, podrían ser una de las causas de este rendimiento diferencial.