Diagnóstico de precisión en trombocitopenias hereditarias: descripción en 22 familias

Abstract

Las trombocitopenias hereditarias (TH) son un grupo heterogéneo de desórdenes causados por defectos en genes involucrados en la producción y función de las plaquetas. Aunque se han identificado alrededor de 50 genes causales, una gran proporción de casos queda sin diagnóstico aún luego de la aplicación de paneles NGS que incluyen todos los genes conocidos. Esto se debe en parte a que algunas de las variantes identificadas, potencialmente responsables del fenotipo, son clasificadas como de significado incierto (VUS), lo cual no permite definir el diagnóstico genético. En este trabajo describimos nuestra experiencia en el diagnóstico de TH después de la implementación del NGS aplicando la secuenciación exómica (WES) seguida de un panel génico virtual, haciendo hincapié en el hallazgo de VUS. Se incluyeron 22 familias (n=42 pacientes) luego de brindar el consentimiento informado de acuerdo con los requerimientos éticos. Se efectuó la caracterización clínica y el estudio del fenotipo plaquetario. Se realizó WES utilizando Illumina (Macrogen Korea). A nivel local, se llevó a cabo el llamado y anotación de las variantes mediante herramientas bioinformáticas y se llevó a cabo el curado de las variantes halladas utilizando un panel virtual de 48 genes causales de TH. Las variantes se clasificaron en patogénicas, benignas o VUS en base a criterios establecidos por el ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics), basados en la frecuencia alélica, análisis funcional, predicciones in-silico, la relación con el fenotipo y la segregación familiar, la cual se evaluó por secuenciación de Sanger. Se encontraron 22 variantes en 11 genes: MYH9, NBEAL2, WAS, GP1BA, GP1BB, ACTN1, ANKRD26, RUNX1, IKZF5, ITGB3, ITGA2B, 7 resultaron nóveles. Ocho variantes fueron clasificadas como patogénicas (P) y 9 como probablemente patogénicas (LP), resultando en una tasa de diagnóstico del 68 %: desórden relacionado al gen MYH9, 6 familias; Síndrome de Plaquetas Grises, 3; Bernard-Soulier monoalélico, 3; Wiskott- Aldrich, 1; Trombocitopenia relacionada (Tr) a ACTN1, 1 y Tr-ANKRD26, 1. En 3 familias no se detectaron variantes, aún luego de evaluar el exoma completo. Se encontraron 5 VUS heterocigotas de tipo missense en otras 4 familias (18%), (Tabla 1). Mientras que en 1 familia (IV) el significado de las 2 VUS halladas no resulta claro, en las 3 restantes, existe una alta sospecha de que estas VUS sean responsables del fenotipo, aunque la evidencia reunida por la sumatoria de criterios ACMG resultó insuficiente para rotularlas como P/LP, por lo que no se pudo definir el diagnóstico. En el caso de la VUS en el RUNX1, se constató la desregulación de la expresión de moléculas blanco de este factor de transcripción en plaquetas (citometría de flujo y qPCR), incluyendo disminución de la glicoproteina Ia, el receptor MPL y la cadena regulatoria de la miosina y aumento de miosina 10, reforzando la posible patogenicidad de esta variante. Definir el significado de la VUS en el RUNX1 es particularmente importante considerando que las variantes patogénicas en este gen se asocian a un alto riesgo de transformación leucémica. En conclusión, la combinación de la caracterización clínica, el fenotipo plaquetario y el NGS resultó fundamental para el diagnóstico de las TH, siendo nuestra tasa de diagnóstico favorable en comparación a otros centros a nivel global. El hallazgo de VUS en nuestra cohorte refleja las limitaciones inherentes a las estrategias de curado de variantes y el dilema diagnóstico que plantea la detección de este tipo de variantes. Dar a conocer estas variantes a la comunidad científica mediante su inclusión en bases de datos genómicas facilitará el futuro curado de las mismas y contribuirá a establecer su implicancia clínica, contribuyendo al diagnóstico personalizado de las TH.