Mostrar el registro sencillo del ítem

dc.contributor.author
Romero, José Rodolfo
dc.contributor.author
Carballido, Jessica Andrea
dc.contributor.author
Garbus, Ingrid
dc.contributor.author
Echenique, Carmen Viviana
dc.contributor.author
Ponzoni, Ignacio
dc.date.available
2017-10-05T17:39:08Z
dc.date.issued
2016-10-30
dc.identifier.citation
Romero, José Rodolfo; Carballido, Jessica Andrea; Garbus, Ingrid; Echenique, Carmen Viviana; Ponzoni, Ignacio; A Bioinformatics Approach for Detecting Repetitive Nested Motifs using Pattern Matching; Bioinformatics Inst; Evolutionary Bioinformatics; 12; 30-10-2016; 247-251
dc.identifier.issn
1176-9343
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/25982
dc.description.abstract
The identification of nested motifs in genomic sequences is a complex computational problem. The detection of these patterns is important to allow discovery of transposable element (TE) insertions, incomplete reverse transcripts, deletions, and/or mutations. Here, we designed a de novo strategy for detecting patterns that represent nested motifs based on exhaustive searches for pairs of motifs and combinatorial pattern analysis. These patterns can be grouped into three categories: motifs within other motifs, motifs flanked by other motifs, and motifs of large size. Our methodology, applied to genomic sequences from the plant species Aegilops tauschii and Oryza sativa, revealed that it is possible to find putative nested TEs by detecting these three types of patterns. The results were validated though BLAST alignments, which revealed the efficacy and usefulness of the new method, which we call Mamushka.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Bioinformatics Inst
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Repetitive Motifs
dc.subject
Nested Motifs
dc.subject
Exact Sequence Analysis
dc.subject
Structural Bioinformatics
dc.subject.classification
Ética relacionada con Biotecnología Agrícola
dc.subject.classification
Biotecnología Agropecuaria
dc.subject.classification
CIENCIAS AGRÍCOLAS
dc.title
A Bioinformatics Approach for Detecting Repetitive Nested Motifs using Pattern Matching
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-09-19T14:40:31Z
dc.journal.volume
12
dc.journal.pagination
247-251
dc.journal.pais
Nueva Zelanda
dc.journal.ciudad
Albany
dc.description.fil
Fil: Romero, José Rodolfo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Carballido, Jessica Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Cs. E Ingeniería de la Computacion; Argentina
dc.description.fil
Fil: Garbus, Ingrid. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Echenique, Carmen Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ponzoni, Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Cs. E Ingeniería de la Computacion; Argentina
dc.journal.title
Evolutionary Bioinformatics
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://insights.sagepub.com/a-bioinformatics-approach-for-detecting-repetitive-nested-motifs-using-article-a5992-abstract?article_id=5992
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5089818/


Archivos asociados

 

Comunidades y colecciones

Mostrar el registro sencillo del ítem