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dc.date.available
2025-04-03T09:06:04Z
dc.identifier.citation
Maté, María Laura; Liron, Juan Pedro; Cantón, Candela; (2025): Gastrointestinal nematodes ITS-2 rDNA and β-tubulin deep amplicon sequencing from 6 cattle farms located in Buenos Aires province, Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/257859
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/257859
dc.description.abstract
This study establishes the first molecular identification of gastrointestinal nematodes (GIN) species parasitizing cattle across six commercial farms located in Buenos Aires province, Argentina, using ITS-2 gene deep amplicon sequencing. We further applied the fecal egg count reduction test (FECRT) and sequencing of the β-tubulin isotype-1 gene to assess BZD resistance under different anthelmintic treatment regimens.
dc.rights
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.title
Gastrointestinal nematodes ITS-2 rDNA and β-tubulin deep amplicon sequencing from 6 cattle farms located in Buenos Aires province, Argentina
dc.type
dataset
dc.date.updated
2025-04-03T09:01:58Z
dc.description.fil
Fil: Maté, María Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil; Argentina
dc.description.fil
Fil: Liron, Juan Pedro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil; Argentina
dc.description.fil
Fil: Cantón, Candela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil; Argentina
dc.rights.embargoDate
2025-10-31
dc.datacite.PublicationYear
2025
dc.datacite.Creator
Maté, María Laura
dc.datacite.Creator
Liron, Juan Pedro
dc.datacite.Creator
Cantón, Candela
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil
dc.datacite.publisher
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.subject
Otras Ciencias Veterinarias
dc.datacite.subject
Ciencias Veterinarias
dc.datacite.subject
CIENCIAS AGRÍCOLAS
dc.datacite.date
01/04/2025
dc.datacite.DateType
Creado
dc.datacite.language
eng
dc.datacite.version
1.0
dc.datacite.description
British breed cattle and their crossbreeds, representative of the beef production systems in Buenos Aires province, Argentina, were used for fecal sampling over a period of approximately two years across six commercial farms operating under a grazing-based finishing system. The efficacy of BZDs and IVM in each commercial farm included in the project was previous to the feces sampling for ITS-2 and b-tubulin analyses.In order to assess the molecular identification of GIN and determine the BZD resistance status of GIN parasitizing livestock, fecal samples from calves were collected between April 2020 and October 2021. The relative abundance of GIN species in each sample pool was determined through ITS-2 nemabiome metabarcoding following the protocol described by Avramenko et al. (2015) (https://www.nemabiome.ca/sequencing.html). The frequency of benzimidazole resistance alleles in parasitic nematodes communities was determined through deep amplicon sequencing of the isotype-1 b-tubulin fragment, as previously described and detailed in Avramenko et al. (2019). The prepared pooled library was run on an Illumina Desktop Sequencer using a 500-cycle paired-end reagent kit (MiSeq Reagent Kit, v2, MS-103–2003) at a final concentration of 15 pM, with the addition of 25% PhiX control v3 (Illumina, FC-110-3001). The MiSeq was set to generate only FASTQ files.
dc.datacite.DescriptionType
Información Técnica
dc.datacite.FundingReference
00343-2020-PICT
dc.datacite.FunderName
Ministerio de Ciencia. Tecnología e Innovación Productiva. Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica
dc.subject.keyword
NEMABIOME
dc.subject.keyword
ITS2 AND B-TUBULIN
dc.subject.keyword
CATTLE
dc.subject.keyword
PARASITES
dc.datacite.resourceTypeGeneral
dataset
dc.conicet.datoinvestigacionid
26139
dc.datacite.awardTitle
MONITOREO GENÉTICO DE LA RESISTENCIA ANTIHELMÍNTICA MEDIANTE SECUENCIACIÓN MASIVA DE AMPLICONES EN NEMATODOS GASTROINTESTINALES DEL BOVINO
dc.datacite.geolocation
Buenos Aires
dc.datacite.formatedDate
2025
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Tamaño
Fastq_its2.7z
Embargado hasta 31-10-2025
108.5Mb
Fastq-Btub.7z
Embargado hasta 31-10-2025
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