Modelado molecular y predicción funcional de la proteína bll4781 de Bradyrhizobium diazoefficiens (USDA 110)

Abstract

La proteína denominada bll4781 pertenece a la bacteria de suelo Bradyrhizobium diazoefficiens (USDA 110), rizobio de importancia agronómica por su capacidad de fijar N atmosférico en las raíces de leguminosas. La secuencia de esta proteína presenta una longitud de 100 aa, no presenta regiones transmembrana y presenta regiones desordenadas entre las posiciones 1-15 y 83-100, respectivamente. Se realizó una búsqueda de homología por diversos métodos y programas, y se encontraron homólogos remotos con estructura conocida, y sólo uno de ellos presentó la mayor significancia estadística, una proteína piruvato dehidrogenasa perteneciente a la bacteria fotosintética Rhodopseudomonas palustris CGA009. Las relaciones filogenéticas muestran mayor cercanía evolutiva con varias especies de Bradyrhizobium, formando un clado de 8 especies donde se encuentra el representante de la proteína de estructura conocida. Para predecir la posible función biológica de la proteína se realizó una búsqueda exhaustiva en diferentes bases de datos realizando el seguimiento del nº EC, encontrando que la proteína de estudio participa en las rutas metabólicas de la fermentación del acetato y metabolismo del piruvato, realizando la posible función molecular de catalizar la reacción entre el piruvato y una molécula de ubiquinona, dando como resultado acetato, ubiquinol y dióxido de carbono.