Variants of hypogonadotrophic hypogonadism: CEDIE systematic review

Name: Variants of hypogonadotrophic hypogonadism: CEDIE systematic review
License: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Keywords: Hipogonadismo Hipogonadotrófico

Datos de investigación

Variants of hypogonadotrophic hypogonadism: CEDIE systematic review

Autores: Castro, Sebastián; Brunello, Franco Gino Icon

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Publicador: Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas

Fecha de depósito: 15/08/2024

Fecha de creación: 01/01/2020-01/07/2024

Clasificación temática:

Endocrinología y Metabolismo

Resumen

La base de datos titulada “Variants of hypogonadotrophic hypogonadism. CEDIE systematic Review” ha sido creada durante la elaboración de una revisión sistemática de variantes relacionadas a Hipogonadismo Hipogonadotrófico. El objetivo fue proporcionar un panorama de los genes y las variantes asociadas con la Hipogonadismo Hipogonadotrófico en varones con pubertad ausente o detenida después de los 18 años. También nos propusimos proporcionar información sobre la correlación genotipo-fenotipo, incluido el espectro de las características clínicas en órganos no reproductivos, después de haber reclasificado las variantes de secuencia siguiendo las recomendaciones del Colegio Estadounidense de Genética Médica y Genómica (ACMG) y la Asociación de Patología Molecular (AMP). Las variantes se puntuaron y agruparon según el nivel de evidencia de patogenicidad. Se utilizó un algoritmo de puntuación bayesiano modificado de Tavtigian et al. Este estudio se realizó de acuerdo con los principios de los Elementos de Informe Preferidos para Revisiones Sistemáticas y Metaanálisis (PRISMA).

Métodos

Se extrajo información genómica de variantes presuntamente patógenas o causales de los estudios publicados pertenecientes a pacientes varones con pubertad ausente o incompleta a la edad de 18 años (se registró la información de variantes de secuencia bruta tal como la proporcionaron los autores). La lista de variantes se recopiló en un archivo de Excel y se mapeó en el genoma de referencia humano GRCh38 / UCSC hg18 (se anotaron cromosomas, posición, alelos de referencia y alternativos). Primero, se consultaron las variantes en la base de datos ClinVar (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/) para recopilar coordenadas genómicas, lo que produjo casi la mitad de las variantes que se mapearon. El resto de las coordenadas genómicas se recuperaron manualmente utilizando las bases de datos Franklin (https://franklin.genoox.com/clinical-db/home) y VarSome (https://varsome.com/). Las variantes con datos insuficientes para el remapeo se eliminaron debido a la incertidumbre. Se utilizó la biblioteca de Python vcfpy tanto para leer como para escribir un archivo VCF. Para reevaluar sistemáticamente el potencial patogénico de las variantes, aplicamos las pautas ACMG/AMP para la clasificación de variantes con InterVar, una de las herramientas bioinformáticas más utilizadas para la interpretación clínica de variantes genéticas. Para mejorar la precisión del análisis, la anotación y la nomenclatura final de las variantes se basaron en transcripciones clínicamente relevantes en cada gen. Luego, la lista de transcripciones MANE (Matched Annotation from NCBI and EMBL-EBI) Select se obtuvo de Entrez y se incorporó a nuestro script Python creado internamente. La predicción del efecto se llevó a cabo con SnpEff build 5.1f con datos de gnomAD build 3.1.2, ClinVar build 2023-04-24, REVEL, SpliceAI y PhastCons. Las variantes se puntuaron y agruparon según el nivel de evidencia de patogenicidad. Se utilizó un algoritmo de puntuación bayesiano modificado de Tavtigian et al. Se utilizó (18) y las puntuaciones bayesianas se agruparon en las siguientes categorías: 0 = benigno (bin 1); 0,001-0,051 = probablemente benigno (bin 2); 0,100-0,188 = VUS leve (variante de significación incierta) (bin 3); 0,325-0,500 = VUS medio (bin 4); 0,675-0,812 = VUS alto (bin 5); 0,900-0,988 = probablemente patógeno (bin 6); 0,994-0,999 = patógeno (bin 7).

Palabras clave: Hipogonadismo Hipogonadotrófico, Pubertad, Variante génica, Genes

Previsualización destacada

Identificador del recurso

URI: http://hdl.handle.net/11336/242541

Colecciones

Datos de Investigación(CEDIE)
Datos de Investigación de CENTRO DE INVESTIGACIONES ENDOCRINOLOGICAS "DR. CESAR BERGADA"

Datos de Investigación(IQUIBICEN)
Datos de Investigación de INSTITUTO DE QUIMICA BIOLOGICA DE LA FACULTAD DE CS. EXACTAS Y NATURALES

Citación

Castro, Sebastián; Brunello, Franco Gino; Sanso, Elsa Gabriela; Izquierdo, Agustin; Zaiat, Jonathan Javier; Urrutia, Mariela; Marti, Marcelo Adrian; Rey, Rodolfo Alberto; Tellechea, Mariana Lorena; Grinspon, Romina; (2024): Variants of hypogonadotrophic hypogonadism: CEDIE systematic review. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/242541

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