Caracterización de un transcriptoma de inflorescencias de E. Curvula de plantas sometidas a sequía en relación con el modo reproductivo

Abstract

El pasto llorón, Eragrostis curvula, es una gramínea perenne C4 originaria del sur de África que se adapta a suelos arenosos y es tolerante a la sequía. Posee diferentes niveles de ploidía (2x hasta 8x, con x=10), siendo los diploides sexuales (2n=2x=20) mientras que los tetraploides son fundamentalmente apomícticos. En trabajos anteriores se comprobó que en situaciones de estrés se incrementa el número de sacos embrionarios sexuales en individuos apomícticos facultativos. Con el fin de determinar cuáles son los genes responsables del cambio en el porcentaje de sacos sexuales, se extrajo ARN de 3 panojas de plantas del cultivar apomíctico facultativo Don Walter INTA sometidas a sequía y de 3 cultivadas en condiciones óptimas de riego. Se realizó RNA-seq utilizando la tecnología Illumina Hi-seq. Como resultado de la secuenciación se obtuvieron más de 312 millones de lecturas de muy buena calidad que fueron ensambladas mediante el software Trinity en 190.474 contigs. Utilizando el criterio 5 TPM, se estableció que el trancriptoma del genotipo Don Walter consiste en ~30.000 transcriptos, entre los cuales se observaron algunas isoformas. Un análisis de expresión diferencial in silico, permitió identificar ~1.000 y ~3.000 transcriptos sobrexpresados en la muestra sometida a estrés hídrico y la condición control, respectivamente. Este transcriptoma posibilitará identificar y validar entre estos genes diferencialmente expresados a aquellos que están involucrados en los cambios observados en el incremento de sacos sexuales en E. curvula bajo condiciones de déficit hídrico.