Análisis de componentes principales: una herramienta para dilucidar los movimientos esenciales de las biomoléculas

Abstract

El Análisis de Componentes Principales (PCA) es un procedimiento ampliamente utilizado para examinar los datos colectados de simulaciones de biomoléculas. Su gran virtud es que permite reducir enormemente la dimensionalidad del espacio configuracional de la molécula. En criollo, esto significa que en lugar de necesitar cientos o miles de coordenadas para indicar cómo están posicionados sus átomos, podemos alcanzar una muy buena descripción con solo indicar un puñado de componentes principales. Esto facilita enormemente todos los análisis posteriores, ya sean cualitativos o cuantitativos.Así, PCA es utilizado tanto para generar animaciones de los movimientos funcionales de las biomoléculas como para calcular sus superficies de energía libre o sus entropías conformacionales. Pero ojo: para poder aplicar PCA en forma eficaz es necesario conocer sus fundamentos teóricos, ya que ellos nos permiten diseñar estrategias para evitar las limitaciones del método. En este artículo, discutiremos las bases teóricas de PCA y presentaremos algunos procedimientos que nos permitirán aprovechar al máximo las ventajas de este algoritmo.