Sorghum bicolor: Polimorfismos (SNPs e InDel) de los genotipos SS79 y M71 y sus impactos estimados

Abstract

Identificación de SNPs e Indels en el genotipo de sorgo dulce SS79 y el granífero M71 (Shiringani et al, 2010; Shiringani y Friedt, 2011), re-secuenciados en un Illumina Novaseq 6000, utilizando la herramienta SNIPPY4.6 (Seemann, 2015). El genoma utilizado como referencia fue BTx623 v.3.1.1. El impacto funcional de los polimorfismos se evaluó utilizando SNPeff v.4.3 (Cingolani et al., 2012). SNPs and Indels identified in the sweet sorghum genotype SS79 and grain sorghum M71 (Shiringani et al, 2010; Shiringani and Friedt, 2011), re-sequenced on an Illumina Novaseq 6000, using SNIPPY4.6 (Seemann, 2015). The reference genome used was BTx623 v.3.1.1. The functional impact of SNPs and Indels was evaluated using SNPeff v.4.3 (Cingolani et al., 2012).