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dc.contributor.author
Federico, Maria Laura
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dc.contributor.author
Carrere Gómez, Manuela
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dc.contributor.author
Chakrabarty, Subhadra
dc.contributor.author
Erazzú, Luis Ernesto
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dc.contributor.author
Snowdon, Rod
dc.date.available
2024-06-12T12:22:07Z
dc.date.issued
2021
dc.identifier.citation
Prioritization of candidate genes in QTL regions associated with bioenergy-related traits in sorghum (Sorghum bicolor) using a machine learning algorithm; XVIII Latin American Congress of Genetics; LIV Annual Meeting of the Chilean Society of Genetics; XLIX Argentine Congress of Genetics; VIII Congress of the Uruguayan Society of Genetics; I Paraguayan Congress of Genetics; V Latin American Congress of Human Genetics; Valdivia; Chile; 2021; 231-231
dc.identifier.issn
1852-6233
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/237918
dc.description.abstract
Gene prioritization pipelines are designed to rank positional candidate genes (CG) within quantitative trait loci (QTL) and reduce the list of CG that is selected for further in-depth functional analysis. We have designed an integrated approach to prioritize CG in sorghum (Sorghum bicolor) combining the use of high-resolution QTL mapping, a machine learning algorithm, sequence analysis of the parental genomes and CG expression profiling. First, we re-mapped QTL associated with 20 different bioenergy-related traits in a recombinant inbred line (RIL) population from a cross between grain (M71) and sweet sorghum (SS79), genotyped using an Affymetrix 90K sorghum single nucleotide polymorphism (SNP) array. Thirty-eight QTL for 16 traits were identified using composite interval mapping; reference genome coordinates were determined for each QTL confidence interval and lists of positional CG generated. Positional CG lists were ranked using a machine learning algorithm, QTG-Finder2. Genomes of the RIL parental lines were re-sequenced in an Illumina NovaSeq 6000 (S4 flow cell, 300 cycles, PE150). Sequencing reads were aligned to the sorghum reference genome, BTx623, and SNPs were called for the parental genotypes. SNP effects on parental allele function were assessed using SNPeff. We also evaluated the tissue-specificity of each of the top 20% CG ranked by QTG-Finder2. Lastly, we generated a prioritized list of positional CG for each of the 38 QTL based on QTG-Finder2 rank, SNP presence/effect between parental alleles and expression profile. Taken together, these results bring us a step closer to finding the causal genes behind these set of bioenergy-associated traits.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Sociedad Argentina de Genética
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
QTL
dc.subject
SNP
dc.subject
BIOENERGY
dc.subject
CANDIDATE GENES
dc.subject.classification
Biotecnología Agrícola y Biotecnología Alimentaria
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dc.subject.classification
Biotecnología Agropecuaria
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dc.subject.classification
CIENCIAS AGRÍCOLAS
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dc.title
Prioritization of candidate genes in QTL regions associated with bioenergy-related traits in sorghum (Sorghum bicolor) using a machine learning algorithm
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type
info:eu-repo/semantics/conferenceObject
dc.type
info:ar-repo/semantics/documento de conferencia
dc.date.updated
2024-06-12T11:45:44Z
dc.journal.volume
22
dc.journal.number
1 (Suppl.)
dc.journal.pagination
231-231
dc.journal.pais
Argentina
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dc.journal.ciudad
Buenos Aires
dc.description.fil
Fil: Federico, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires Norte. Estación Experimental Agropecuaria Pergamino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Carrere Gómez, Manuela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires Norte. Estación Experimental Agropecuaria Pergamino; Argentina
dc.description.fil
Fil: Chakrabarty, Subhadra. Justus Liebig Universitat Giessen; Alemania
dc.description.fil
Fil: Erazzú, Luis Ernesto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Tucuman-Santiago del Estero. Estación Experimental Agropecuaria Famaillá; Argentina
dc.description.fil
Fil: Snowdon, Rod. Justus Liebig Universitat Giessen; Alemania
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://sag.org.ar/jbag/en/project/vol-xxxii-suppl-1-2/
dc.conicet.rol
Autor
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Autor
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dc.coverage
Internacional
dc.type.subtype
Congreso
dc.description.nombreEvento
XVIII Latin American Congress of Genetics; LIV Annual Meeting of the Chilean Society of Genetics; XLIX Argentine Congress of Genetics; VIII Congress of the Uruguayan Society of Genetics; I Paraguayan Congress of Genetics; V Latin American Congress of Human Genetics
dc.date.evento
2021-10-05
dc.description.ciudadEvento
Valdivia
dc.description.paisEvento
Chile
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dc.type.publicacion
Journal
dc.description.institucionOrganizadora
Sociedad Argentina de Genética
dc.description.institucionOrganizadora
Sociedad de Genética de Chile
dc.description.institucionOrganizadora
Sociedad Uruguaya de Genética
dc.description.institucionOrganizadora
Asociación Latinoamericana de Genética
dc.description.institucionOrganizadora
Sociedad Paraguaya de Genética
dc.description.institucionOrganizadora
Red Latinoamericana de Genética Humana
dc.source.revista
Journal of Basic & Applied Genetics
dc.date.eventoHasta
2021-10-08
dc.type
Congreso
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