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dc.date.available
2024-06-04T11:20:46Z  
dc.identifier.citation
Asis Rodriguez, Marcos Alberto; (2024): Simulaciones de dinamica molecular de bicapas con concentración variable de POPC en ausencia de fluralaner. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/236933  
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/236933  
dc.description.abstract
Los siguientes archivos constan de las trayectorias de multiples sistemas de bicapas lipídicas sometidas a simulaciones de dinámica molecular. Se construyó un sistema control de POPC puro, mientras que los sistemas binarios seleccionados de POPC-POPE y POPC-COL se realizaron con una concentración relativa de 9:1, 7:3 y 1:1, dando origen a 6 sistemas binarios. Todos cuentan con un total de 512 moléculas de lípido (256 por hemicapa), con aproximadamente 62 moléculas de H2O (TIP3p) /lípido y 0,15 M NaCl.  
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess  
dc.title
Simulaciones de dinamica molecular de bicapas con concentración variable de POPC en ausencia de fluralaner  
dc.type
dataset  
dc.date.updated
2024-06-03T12:20:15Z  
dc.description.fil
Fil: Asis Rodriguez, Marcos Alberto. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas; Argentina  
dc.rights.license
Datos sujetos al derecho de propiedad intelectual  
dc.datacite.PublicationYear
2024  
dc.datacite.Creator
Asis Rodriguez, Marcos Alberto  
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica  
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas  
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica  
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas  
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas  
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica  
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Instituto de Investigaciones Biológicas y Tecnológicas  
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Departamento de Química. Cátedra de Química Biológica  
dc.datacite.publisher
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas  
dc.datacite.subject
Ciencias de la Información y Bioinformática  
dc.datacite.subject
Ciencias de la Computación e Información  
dc.datacite.subject
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS  
dc.datacite.ContributorType
DataCurator  
dc.datacite.ContributorType
DataCurator  
dc.datacite.ContributorType
DataCurator  
dc.datacite.ContributorName
Miguel, Virginia  
dc.datacite.ContributorName
Sánchez, Mariela Eugenia  
dc.datacite.ContributorName
Garcia, Daniel Asmed  
dc.datacite.date
2022  
dc.datacite.DateType
Creado  
dc.datacite.language
eng  
dc.datacite.version
1.0  
dc.datacite.description
Se utilizó una metodología para realizar Simulaciones de Dinámica Molecular (SDM) de detalle atómico (All Atom, AA), empleando el campo de fuerza Stockholm lipids (Slipids) y el software GROMACS. Inicialmente, se llevó a cabo la equilibración del sistema mediante una minimización energética utilizando el algoritmo steepest descent, seguida de seis pasos de equilibrio. Estos pasos incluyeron dos simulaciones en ensamble NVT con restricciones variables sobre el movimiento de los lípidos, seguidas de cinco pasos en ensamble NPT, donde se redujeron gradualmente las fuerzas de restricción y se aumentó el intervalo de tiempo de simulación. Se aplicó el algoritmo de Berendsen para el baróstato y el termostato, manteniendo una presión semi-isotrópica de 1 bar. Posteriormente, se procedió a la producción de SDM, llevando a cabo 600 ns en ensamble NVT con un intervalo de tiempo de 0,002 fs, utilizando restricciones con el algoritmo LINCS y manteniendo la temperatura constante a 310 K mediante el termostato V-rescale. Se utilizó el baróstato Parrinello-Rahman como baño de presión y se establecieron distancias de corte para las interacciones coulómbicas y de Van der Waals. Finalmente, se verificó el equilibrio de los sistemas siguiendo la evolución de la tensión superficial, que alcanzó un valor de cero en todos los sistemas analizados. Esta metodología garantizó la estabilidad y validez de los resultados obtenidos en las simulaciones.  
dc.datacite.DescriptionType
Métodos  
dc.relationtype.isSourceOf
https://ri.conicet.gov.ar/handle/11336/236846  
dc.subject.keyword
Simulaciones de dinámica molecular  
dc.subject.keyword
Membranas modelo  
dc.subject.keyword
Insecticidas gabaergicos  
dc.datacite.resourceTypeGeneral
dataset  
dc.conicet.datoinvestigacionid
16735  
dc.conicet.justificacion
Datos creados por computadora.  
dc.datacite.formatedDate
2022  

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Notas de uso
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CHOL10.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relacion molar 9:1, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
344.5Mb
CHOL30.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relacion molar 7:3, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
330.8Mb
CHOL50.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relacion Sistema de bicapa binaria de POPC:COL con relacion molar 1:1, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.molar 9:1, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
315.6Mb
PE50.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:POPE con relacion molar 1:1, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
345.9Mb
100PC.xtc
Sistema de bicapa POPC puro sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
351.2Mb
PE10.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:POPE con relacion molar 9:1, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
350.1Mb
PE30.xtc
Sistema de bicapa binaria de POPC:POPE con relacion molar 7:3, sin fluralaner. Trayectoria con reducción de frames de un delta 1000 para subir a esta plataforma.  Más
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