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dc.contributor.author
Nibeyro, Guadalupe
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dc.contributor.author
Baronetto, Verónica Mabel
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dc.contributor.author
Folco, Juan I.
dc.contributor.author
Pastore, Pablo Germán
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dc.contributor.author
Girotti, Maria Romina
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dc.contributor.author
Prato, Laura
dc.contributor.author
Morón, Gabriel
dc.contributor.author
Lujan, Hugo Daniel
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dc.contributor.author
Fernandez, Elmer Andres
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dc.date.available
2024-03-12T11:37:27Z
dc.date.issued
2023-07
dc.identifier.citation
Nibeyro, Guadalupe; Baronetto, Verónica Mabel; Folco, Juan I.; Pastore, Pablo Germán; Girotti, Maria Romina; et al.; Unraveling tumor specific neoantigen immunogenicity prediction: a comprehensive analysis; Frontiers Media; Frontiers in Immunology; 14; 7-2023; 1-11
dc.identifier.issn
1664-3224
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/230145
dc.description.abstract
Introduction: Identification of tumor specific neoantigen (TSN) immunogenicity is crucial to develop peptide/mRNA based anti-tumoral vaccines and/or adoptive T-cell immunotherapies; thus, accurate in-silico classification/prioritization proves critical for cost-effective clinical applications. Several methods were proposed as TSNs immunogenicity predictors; however, comprehensive performance comparison is still lacking due to the absence of well documented and adequate TSN databases. Methods: Here, by developing a new curated database having 199 TSNs with experimentally-validated MHC-I presentation and positive/negative immune response (ITSNdb), sixteen metrics were evaluated as immunogenicity predictors. In addition, by using a dataset emulating patient derived TSNs and immunotherapy cohorts containing predicted TSNs for tumor neoantigen burden (TNB) with outcome association, the metrics were evaluated as TSNs prioritizers and as immunotherapy response biomarkers. Results: Our results show high performance variability among methods, highlighting the need for substantial improvement. Deep learning predictors were top ranked on ITSNdb but show discrepancy on validation databases. In overall, current predicted TNB did not outperform existing biomarkers. Conclusion: Recommendations for their clinical application and the ITSNdb are presented to promote development and comparison of computational TSNs immunogenicity predictors.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Frontiers Media
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
CANCER IMMUNOLOGY
dc.subject
IMMUNOGENIC NEOANTIGEN DATABASE
dc.subject
IMMUNOINFORMATIC
dc.subject
IMMUNOTHERAPY
dc.subject
NEOPEPTIDE
dc.subject.classification
Ciencias de la Información y Bioinformática
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dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Unraveling tumor specific neoantigen immunogenicity prediction: a comprehensive analysis
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2024-03-08T14:07:48Z
dc.journal.volume
14
dc.journal.pagination
1-11
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.description.fil
Fil: Nibeyro, Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Baronetto, Verónica Mabel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Folco, Juan I.. Universidad Católica de Córdoba; Argentina
dc.description.fil
Fil: Pastore, Pablo Germán. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Católica de Córdoba; Argentina
dc.description.fil
Fil: Girotti, Maria Romina. Universidad Argentina de la Empresa; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Prato, Laura. Universidad Nacional de Villa María; Argentina
dc.description.fil
Fil: Morón, Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lujan, Hugo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Fernandez, Elmer Andres. Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas. Universidad Católica de Córdoba. Centro de Investigación y Desarrollo en Inmunología y Enfermedades Infecciosas; Argentina
dc.journal.title
Frontiers in Immunology
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.3389/fimmu.2023.1094236
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