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dc.contributor.author
Iserte, Javier Alonso
dc.contributor.author
Stephan, Betina Inés
dc.contributor.author
Goñi, Sandra Elizabeth
dc.contributor.author
Borio, Cristina Silvia
dc.contributor.author
Ghiringhelli, Pablo Daniel
dc.contributor.author
Lozano, Mario Enrique
dc.date.available
2017-08-23T22:08:10Z
dc.date.issued
2013-01
dc.identifier.citation
Iserte, Javier Alonso; Stephan, Betina Inés; Goñi, Sandra Elizabeth; Borio, Cristina Silvia; Ghiringhelli, Pablo Daniel; et al.; Family-specific degenerate primer design: a tool to design consensus degenerated oligonucleotides; Hindawi Publishing Corporation; Biotechnology Research International; 2013; 1-2013; 1-9; 383646
dc.identifier.issn
2090-3138
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/22909
dc.description.abstract
Designing degenerate PCR primers for templates of unknown nucleotide sequence may be a very difficult task. In this paper, we present a new method to design degenerate primers, implemented in family-specific degenerate primer design (FAS-DPD) computer software, for which the starting point is a multiple alignment of related amino acids or nucleotide sequences. To assess their efficiency, four different genome collections were used, covering a wide range of genomic lengths: Arenavirus ( nucleotides), Baculovirus ( to  bp), Lactobacillus sp. ( to  bp), and Pseudomonas sp. ( to  bp). In each case, FAS-DPD designed primers were tested computationally to measure specificity. Designed primers for Arenavirus and Baculovirus were tested experimentally. The method presented here is useful for designing degenerate primers on collections of related protein sequences, allowing detection of new family members.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Hindawi Publishing Corporation
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
Primer Design
dc.subject
Degenerate Oligonucleotides
dc.subject
Polymerase Chain Reaction
dc.subject.classification
Otras Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Family-specific degenerate primer design: a tool to design consensus degenerated oligonucleotides
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-08-22T21:23:05Z
dc.journal.volume
2013
dc.journal.pagination
1-9; 383646
dc.journal.pais
Egipto
dc.journal.ciudad
El Cairo
dc.description.fil
Fil: Iserte, Javier Alonso. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Stephan, Betina Inés. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Goñi, Sandra Elizabeth. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Borio, Cristina Silvia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ghiringhelli, Pablo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área Virus de Insectos; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lozano, Mario Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina
dc.journal.title
Biotechnology Research International
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1155/2013/383646
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.hindawi.com/journals/btri/2013/383646/


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