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dc.contributor.author Iserte, Javier Alonso
dc.contributor.author Stephan, Betina Inés
dc.contributor.author Goñi, Sandra Elizabeth
dc.contributor.author Borio, Cristina Silvia
dc.contributor.author Ghiringhelli, Pablo Daniel
dc.contributor.author Lozano, Mario Enrique
dc.date.available 2017-08-23T22:08:10Z
dc.date.issued 2013-01
dc.identifier.citation Iserte, Javier Alonso; Stephan, Betina Inés; Goñi, Sandra Elizabeth; Borio, Cristina Silvia; Ghiringhelli, Pablo Daniel; et al.; Family-specific degenerate primer design: a tool to design consensus degenerated oligonucleotides; Hindawi Publishing Corporation; Biotechnology Research International; 2013; 1-2013; 1-9; 383646
dc.identifier.issn 2090-3138
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/11336/22909
dc.description.abstract Designing degenerate PCR primers for templates of unknown nucleotide sequence may be a very difficult task. In this paper, we present a new method to design degenerate primers, implemented in family-specific degenerate primer design (FAS-DPD) computer software, for which the starting point is a multiple alignment of related amino acids or nucleotide sequences. To assess their efficiency, four different genome collections were used, covering a wide range of genomic lengths: Arenavirus ( nucleotides), Baculovirus ( to  bp), Lactobacillus sp. ( to  bp), and Pseudomonas sp. ( to  bp). In each case, FAS-DPD designed primers were tested computationally to measure specificity. Designed primers for Arenavirus and Baculovirus were tested experimentally. The method presented here is useful for designing degenerate primers on collections of related protein sequences, allowing detection of new family members.
dc.format application/pdf
dc.language.iso eng
dc.publisher Hindawi Publishing Corporation
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject Primer Design
dc.subject Degenerate oligonucleotides
dc.subject Polymerase chain reaction
dc.subject.classification Otras Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification Ciencias de la Computación e Información
dc.subject.classification CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title Family-specific degenerate primer design: a tool to design consensus degenerated oligonucleotides
dc.type info:eu-repo/semantics/article
dc.type info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated 2017-08-22T21:23:05Z
dc.journal.volume 2013
dc.journal.pagination 1-9; 383646
dc.journal.pais Egipto
dc.journal.ciudad El Cairo
dc.description.fil Fil: Iserte, Javier Alonso. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil Fil: Stephan, Betina Inés. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil Fil: Goñi, Sandra Elizabeth. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil Fil: Borio, Cristina Silvia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil Fil: Ghiringhelli, Pablo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área Virus de Insectos; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil Fil: Lozano, Mario Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina
dc.journal.title Biotechnology Research International
dc.relation.alternativeid info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1155/2013/383646
dc.relation.alternativeid info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.hindawi.com/journals/btri/2013/383646/


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