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dc.contributor.author
Iserte, Javier Alonso  
dc.contributor.author
Stephan, Betina Inés  
dc.contributor.author
Goñi, Sandra Elizabeth  
dc.contributor.author
Borio, Cristina Silvia  
dc.contributor.author
Ghiringhelli, Pablo Daniel  
dc.contributor.author
Lozano, Mario Enrique  
dc.date.available
2017-08-23T22:08:10Z  
dc.date.issued
2013-01  
dc.identifier.citation
Iserte, Javier Alonso; Stephan, Betina Inés; Goñi, Sandra Elizabeth; Borio, Cristina Silvia; Ghiringhelli, Pablo Daniel; et al.; Family-specific degenerate primer design: a tool to design consensus degenerated oligonucleotides; Hindawi Publishing Corporation; Biotechnology Research International; 2013; 1-2013; 1-9; 383646  
dc.identifier.issn
2090-3138  
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/22909  
dc.description.abstract
Designing degenerate PCR primers for templates of unknown nucleotide sequence may be a very difficult task. In this paper, we present a new method to design degenerate primers, implemented in family-specific degenerate primer design (FAS-DPD) computer software, for which the starting point is a multiple alignment of related amino acids or nucleotide sequences. To assess their efficiency, four different genome collections were used, covering a wide range of genomic lengths: Arenavirus ( nucleotides), Baculovirus ( to  bp), Lactobacillus sp. ( to  bp), and Pseudomonas sp. ( to  bp). In each case, FAS-DPD designed primers were tested computationally to measure specificity. Designed primers for Arenavirus and Baculovirus were tested experimentally. The method presented here is useful for designing degenerate primers on collections of related protein sequences, allowing detection of new family members.  
dc.format
application/pdf  
dc.language.iso
eng  
dc.publisher
Hindawi Publishing Corporation  
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess  
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/  
dc.subject
Primer Design  
dc.subject
Degenerate Oligonucleotides  
dc.subject
Polymerase Chain Reaction  
dc.subject.classification
Otras Ciencias de la Computación e Información  
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información  
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS  
dc.title
Family-specific degenerate primer design: a tool to design consensus degenerated oligonucleotides  
dc.type
info:eu-repo/semantics/article  
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo  
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion  
dc.date.updated
2017-08-22T21:23:05Z  
dc.journal.volume
2013  
dc.journal.pagination
1-9; 383646  
dc.journal.pais
Egipto  
dc.journal.ciudad
El Cairo  
dc.description.fil
Fil: Iserte, Javier Alonso. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Stephan, Betina Inés. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Goñi, Sandra Elizabeth. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Borio, Cristina Silvia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Ghiringhelli, Pablo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área Virus de Insectos; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina  
dc.description.fil
Fil: Lozano, Mario Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina  
dc.journal.title
Biotechnology Research International  
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1155/2013/383646  
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.hindawi.com/journals/btri/2013/383646/