Analisis comparativo del genóma cloroplastidial y del cistrón nuclear ribosomal suguiere precaución en el uso de marcadores moleculares con utilidad taxonómica en Alstroemeria (Alstroemeriaceae)

Abstract

Diversos estudios han intentado de retratar relaciones filogenéticas en el género Alstroemeria (Alstroemeriaceae), basados principalmente en el uso de marcadores hipervariables nucleares (espaciador interno transcrito o ITS) y cloroplastidiales (espaciadores e intrones) . Señales detectadas en los analisis de estos marcadores, mientras son capaces de retratar patrones de diversificación en general, tienden a ofrecer una limitada resolución de relaciones interespecíficas debido a 1) la falta de escrutinio de marcadores hipervariables informativos y 2) la carencia de información de congruencia en procesos de evolución molecular. Mediante el uso de secuenciación masiva, el presente trabajo apuntó a comparar los patrones de variacion del plastoma y cistrón nuclear ribosomal de seis especies chilenas (A. exserens, A. hookeri subsp. hookeri, A. ligtu subsp. ligtu, A. philippi, A. pulchra subsp. pulchra y A. violacea) y tres brasileñas-argentinas (A. isabellana, A. monticola y A. psittacina). Los resultados soportarían la existencia de señal filogenética coherente a lo largo de la mayoria del ADN cloroplastidial, lo que potenciaría el diseño de barcodes taxonómicos-moleculares. Analisis en este set de datos confirmaría a los linajes del norte de Chile como basales del género, mostrando una afinidad importante con los plastomas de Bomarea. En el caso del cistrón nuclear ribosomal, la aparición de sitios de recombinación, copias paralogas y ausencia de fragmentos del ITS2 explicarían altos niveles de homoplasia observados, implicando el cese del uso de este marcador con fines taxonómicos y filogenéticos. Alternativamente, se sugiere privilegiar la busqueda de otros marcadores dentro del genóma nuclear.