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dc.contributor.author
Carballo, José
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dc.contributor.author
Garbus, Ingrid
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dc.contributor.author
Selva, Juan Pablo
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dc.contributor.author
Santos, Bruno A.
dc.contributor.author
Albertini, Emidio
dc.contributor.author
Cáccamo, Mario José
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dc.contributor.author
Echenique, Carmen Viviana
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dc.date.available
2024-02-05T12:30:47Z
dc.date.issued
2018
dc.identifier.citation
A Genomic Approach to Study Apomixis using Eragrostis curvula as a Model Species; Plant and Animal Genome XXVI Conference (PAG); San Diego; Estados Unidos; 2018; 1-1
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/225696
dc.description.abstract
Apomixis is defined as asexual reproduction by seeds, avoiding meiotic reduction and fertilization, being generally present in polyploid plant species. Eragrostis curvula is a perennial grass native to Southern Africa. This species can be taken as a model for the discovery of genes that govern pseudogamous diplosporic apomixis since its polyploid cytotypes (4x to 8x) may undergo sexual reproduction, facultative apomixis, or obligate apomixis whereas diploids are always sexual. Here we present the first draft of a diploid version of the E. curvula genome. The cultivar selected was Victoria (~1200 Mb) originated from in vitro culture of inflorescences of the apomictic cv. Tanganyika (2n=4x=40). Two libraries were prepared with fragment lengths of 20 kb and 10 kb to get longer reads and to increase the coverage, respectively. The sequencing through PACBIO technology resulted in 6.223.627 and 3.309.811 reads respectively with 90X coverage. The assembly was performed using the software Falcon. The N50 was 380.026 bp with 3.118 contigs representing 95% of the haplotype length. The software BUSCO was used to find single copy orthologous genes, being represented 97% of the BUSCO genes. Dovetail Hi-rise software revealed the architecture of the complete genome chromosome-by-chromosome. The first draft of E. curvula genome showed high level of contiguity with a coverage of 95% of the diploid genome. The high proportion of annotated genes would allow the identification of those related to the reproductive mode. This draft represents the start point to obtain more complex tetraploid genomes, harboring the region/s involved in apomixis.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Plant and Animal Genome
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
GENOME
dc.subject
PACBIO
dc.subject
ERAGROSTIS CURVULA
dc.subject
APOMIXIS
dc.subject.classification
Genética y Herencia
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
A Genomic Approach to Study Apomixis using Eragrostis curvula as a Model Species
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type
info:eu-repo/semantics/conferenceObject
dc.type
info:ar-repo/semantics/documento de conferencia
dc.date.updated
2024-01-19T10:17:56Z
dc.journal.pagination
1-1
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.journal.ciudad
San Diego
dc.description.fil
Fil: Carballo, José. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Garbus, Ingrid. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Selva, Juan Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
dc.description.fil
Fil: Santos, Bruno A.. National Institute of Agricultural Botany; Reino Unido
dc.description.fil
Fil: Albertini, Emidio. Università di Perugia; Italia
dc.description.fil
Fil: Cáccamo, Mario José. National Institute of Agricultural Botany; Reino Unido
dc.description.fil
Fil: Echenique, Carmen Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida. Universidad Nacional del Sur. Centro de Recursos Naturales Renovables de la Zona Semiárida; Argentina
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://www.intlpag.org
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://plan.core-apps.com/pag_2018/abstract/ea4431cd14b6570e9d2f2a543c201bc4
dc.conicet.rol
Autor
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dc.coverage
Internacional
dc.type.subtype
Congreso
dc.description.nombreEvento
Plant and Animal Genome XXVI Conference (PAG)
dc.date.evento
2018-01-13
dc.description.ciudadEvento
San Diego
dc.description.paisEvento
Estados Unidos
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dc.type.publicacion
Book
dc.description.institucionOrganizadora
Plant and Animal Genome
dc.source.libro
Plant and Animal Genome XXVI Conference (PAG)
dc.date.eventoHasta
2018-01-17
dc.type
Congreso
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