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dc.contributor.author
Chiapella, Jorge Oscar
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dc.contributor.author
Kuhl, Joseph C.
dc.contributor.author
Demaio, Pablo Horacio
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dc.contributor.author
Amarilla, Leonardo
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dc.date.available
2017-08-17T14:44:37Z
dc.date.issued
2014-02
dc.identifier.citation
Chiapella, Jorge Oscar; Kuhl, Joseph C.; Demaio, Pablo Horacio; Amarilla, Leonardo; Fishing for significance in phylogenies: too many alternatives for the same outcome, or an appeal to Journal editors; Quenn´s University; Ideas in Ecology and Evolution; 7; 1; 2-2014; 3-7
dc.identifier.issn
1918-3178
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/22559
dc.description.abstract
The ever increasing number of computer programs developed for phylogenetic research does not necessarily facilitate the construction of biologically relevant phylogenies. Regardless of the algorithm utilized by new software, the vast majority result in treelike graphs. We suggest that a new, more inclusive framework for phylogenetic studies needs to be developed, which includes trees as an alternative in the absence of conflicting signals in the sequence data set. Conflicts are caused by noisy phylogenetic signal deriving from hybridization, allopolyploidy and lateral gene transfer—biological processes that undermine the construction of simple dichotomic bifurcating graphs. A robust framework for determining biologically relevant phylogenetic relationships should include quality analysis of the phylogenetic signal, a thorough determination of homology, analyses for phylogenetic networks, and exploration of the data for character or tree conflicts.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Quenn´s University
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
Trees
dc.subject
Noise
dc.subject
Phylogenetic Signal
dc.subject
New Framework
dc.subject
Phylogenetic Networks
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Fishing for significance in phylogenies: too many alternatives for the same outcome, or an appeal to Journal editors
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2017-08-01T13:59:03Z
dc.journal.volume
7
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
3-7
dc.journal.pais
Canadá
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dc.journal.ciudad
Kingston, Ontario
dc.description.fil
Fil: Chiapella, Jorge Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal; Argentina
dc.description.fil
Fil: Kuhl, Joseph C.. University Of Idaho; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Demaio, Pablo Horacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal; Argentina
dc.description.fil
Fil: Amarilla, Leonardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal; Argentina
dc.journal.title
Ideas in Ecology and Evolution
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://ojs.library.queensu.ca/index.php/IEE/article/view/5076
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.4033/iee.v7i1.5076
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