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dc.contributor.author
Magallanes Alba, Melisa Eliana
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dc.contributor.author
Baricalla, Agustin Ariel
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dc.contributor.author
Rego, Natalia
dc.contributor.author
Brun, Antonio
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dc.contributor.author
Karasov, William
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dc.contributor.author
Caviedes Vidal, Enrique Juan Raul
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dc.date.available
2024-02-02T12:24:59Z
dc.date.issued
2023-01
dc.identifier.citation
Magallanes Alba, Melisa Eliana; Baricalla, Agustin Ariel; Rego, Natalia; Brun, Antonio; Karasov, William; et al.; Rapid genome functional annotation pipeline anchored to the house sparrow (Passer domesticus, Linnaeus 1758) genome reannotation; Oxford University Press; Biology Methods and Protocols; 8; 1; 1-2023; 1-7
dc.identifier.issn
2396-8923
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/225573
dc.description.abstract
The house sparrow (Passer domesticus) is a valuable avian model for studying evolutionary genetics, development, neurobiology, physiology, behavior, and ecology, both in laboratory and field-based settings. The current annotation of the P. domesticus genome available at the Ensembl Rapid Release site is primarily focused on gene set building and lacks functional information. In this study, we present the first comprehensive functional reannotation of the P. domesticus genome using intestinal Illumina RNA sequencing (RNA-Seq) libraries. Our revised annotation provides an expanded view of the genome, encompassing 38592 transcripts compared to the current 23574 transcripts in Ensembl. We also predicted 14717 protein-coding genes, achieving 96.4% completeness for Passeriformes lineage BUSCOs. A substantial improvement in this reannotation is the accurate delineation of untranslated region (UTR) sequences. We identified 82.7% and 93.8% of the transcripts containing 5′-and 3′-UTRs, respectively. These UTR annotations are crucial for understanding post-Transcriptional regulatory processes. Our findings underscore the advantages of incorporating additional specific RNA-Seq data into genome annotation, particularly when leveraging fast and efficient data processing capabilities. This functional reannotation enhances our understanding of the P. domesticus genome, providing valuable resources for future investigations in various research fields.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.5/ar/
dc.subject
ANNOTATION PIPELINE
dc.subject
BIRDS
dc.subject
GENE ANNOTATION
dc.subject
INTESTINE
dc.subject
PASSER DOMESTICUS
dc.subject
RNA-SEQ
dc.subject.classification
Otros Tópicos Biológicos
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Rapid genome functional annotation pipeline anchored to the house sparrow (Passer domesticus, Linnaeus 1758) genome reannotation
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2024-01-31T13:14:55Z
dc.identifier.eissn
2692-8205
dc.journal.volume
8
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
1-7
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Magallanes Alba, Melisa Eliana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; Argentina. University of Wisconsin; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Baricalla, Agustin Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Rego, Natalia. Instituto Pasteur de Montevideo; Uruguay. Universidad de la República; Uruguay
dc.description.fil
Fil: Brun, Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; Argentina. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias de la Salud; Argentina. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia; Argentina
dc.description.fil
Fil: Karasov, William. University of Wisconsin; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Caviedes Vidal, Enrique Juan Raul. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; Argentina. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia; Argentina
dc.journal.title
Biology Methods and Protocols
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1093/biomethods/bpad013
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/biomethods/article/8/1/bpad013/7221030
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