Grupos filogenéticos de aislamientos de Escherichia coli presentes en sistemas de producción aviar

Abstract

Escherichia coli es una bacteria presente en el tracto intestinal del hombre y algunos animales que, además, puede sobrevivir en el agua y en los alimentos. Ciertas cepas de esta especie son capaces de producir una amplia variedad de enfermedades en el hombre. La estructura genética de E. coli es predominantemente clonal, pudiendo delimitarse 7 grupos filogenéticos asociados a diferentes características feno-genotípicas, nichos ecológicos y patogenicidad. La caracterización filogenética es una herramienta importante para conocer la estructura poblacional de E. coli y la relación entre cepas y enfermedad. La industria avícola es uno de los segmentos más importantes de la producción de alimentos del mundo y, particularmente en Argentina, crece año tras año. El objetivo de este estudio fue asignar grupos filogenéticos a aislamientos de E. col presentes en granjas avícolas. Se obtuvieron muestras de 4 granjas ubicadas en el partido de Tandil: una convencional de cría de pollos parrilleros, con sala de faena (G1), dos agroecológicas (G2 y G3) y una convencional de gallinas ponedoras(G4).Entre noviembre de 2021 y marzo de 2022, por técnica de hisopado cloacal o de la canal, se recolectaron 195 muestras de pollos parrilleros, gallinas ponedoras y canales junto a muestras de camas, agua, alimento balanceado y superficies de galpones y de una sala de faena. Se obtuvieron aislamientos de E. coli utilizando técnicas bioquímicas convencionales. La confirmación de especie se realizó por PCR, mediante la amplificación del gen uspA. La determinación de grupos filogenéticos se realizó por una PCR cuádruplex, amplificando los genes chuA, yjaA, TspE4C2 y arpa. Del total de muestras analizadas, 163 (83,6%) resultaron positivas para E. coli, obteniéndose de ellas 316 aislamientos. Éstos fueron asignados a los siguientes grupos filogenéticos: A (21,8%), A/C (28,8%), B1 (20,3%), B2 (0,9%), D/E (12,7%),E/Clado I (2,2%), F (5,7%). El 7,6%de los aislamientos restantes no pudo asignarse a algún grupo filogenético. En relación a los aislamientos del filogrupo A, el 72,7% fueron obtenidos de cloacas de pollos parrilleros, bebederos, alimento balanceado, camas de galpones, canales y superficies de sala de faena de G1.Sólo se hallaron E. coli del grupo filogenético F en cloacas de pollos parrilleros de G1 y cloacas de gallinas ponedoras de G3; y E. coli del grupo filogenético B2, en cloacas de gallinas ponedoras de G3 y G4.En relación a los aislamientos con perfiles A/C, D/E y E/Clado I, serán analizados mediante otra PCR para definir el grupo al que pertenecen. Se ha postulado que las cepas de E. coli patógenas intestinales pertenecen principalmente a los grupos A y B1, mientras que las cepas pertenecientes a los grupos B2 y D se encuentran mayormente asociadas con patógenos extraintestinales. Los resultados preliminares indicarían la prevalencia, en distintos eslabones de la cadena de producción aviar,de cepas de E. coli potencialmente asociadas a enfermedades intestinales. Esta información alerta sobre la necesidad de implementar medidas de higiene que reduzcan los riesgos microbiológicos durante la producción, procesamiento y distribución de productos avícolas destinados al consumo humano.