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dc.contributor.author
Sica, Mauricio Pablo
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dc.contributor.author
Kortsarz, Micaela Victoria
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dc.contributor.author
Morillas, Angelines A.
dc.contributor.author
Smulski, Cristian Roberto
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dc.date.available
2024-01-17T11:54:24Z
dc.date.issued
2022-09
dc.identifier.citation
Sica, Mauricio Pablo; Kortsarz, Micaela Victoria; Morillas, Angelines A.; Smulski, Cristian Roberto; Protocol to study the oligomeric organization of single-span transmembrane peptides using molecular dynamics simulations; Cell Press; STAR Protocols; 3; 3; 9-2022; 1-22
dc.identifier.issn
2666-1667
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/223886
dc.description.abstract
Herein, you will find detailed information for the preparation of a coarse-grained array of peptides embedded in a lipid membrane. It contains all the steps to set up and run a molecular dynamic simulation using a coarse-grained approach. We provide analytical tools and scripts for generating a residue-level contact matrix between multiple peptides, as well as geometric analysis of arrangements between multiple peptides. This protocol was designed to study the organization of transmembrane peptides in an unbiased manner using computational approaches. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Smulski et al. (2022).
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Cell Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
dc.subject
BIOINFORMATICS
dc.subject
CELL MEMBRANE
dc.subject
PROTEIN BIOCHEMISTRY
dc.subject
STRUCTURAL BIOLOGY
dc.subject.classification
Biofísica
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Protocol to study the oligomeric organization of single-span transmembrane peptides using molecular dynamics simulations
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2024-01-16T10:49:15Z
dc.journal.volume
3
dc.journal.number
3
dc.journal.pagination
1-22
dc.journal.pais
Estados Unidos
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dc.description.fil
Fil: Sica, Mauricio Pablo. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro. Archivo Histórico del Centro Atómico Bariloche e Instituto Balseiro | Universidad Nacional de Cuyo. Instituto Balseiro. Archivo Histórico del Centro Atómico Bariloche e Instituto Balseiro; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte; Argentina
dc.description.fil
Fil: Kortsarz, Micaela Victoria. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro. Archivo Histórico del Centro Atómico Bariloche e Instituto Balseiro | Universidad Nacional de Cuyo. Instituto Balseiro. Archivo Histórico del Centro Atómico Bariloche e Instituto Balseiro; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte; Argentina
dc.description.fil
Fil: Morillas, Angelines A.. No especifíca;
dc.description.fil
Fil: Smulski, Cristian Roberto. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro. Archivo Histórico del Centro Atómico Bariloche e Instituto Balseiro | Universidad Nacional de Cuyo. Instituto Balseiro. Archivo Histórico del Centro Atómico Bariloche e Instituto Balseiro; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Patagonia Norte; Argentina
dc.journal.title
STAR Protocols
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1016/j.xpro.2022.101636
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