Pandemia de COVID-19: Experiencia del Laboratorio de Medicina Genómica en la detección de genes del virus SARS-CoV-2 en muestras respiratorias

Abstract

La reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa en tiempo real (Real Time RT-PCR) es el ensayo más sensible y específico para la detección del SARS-CoV-2, los genes ORF1ab, RdRp, E, N y S son los objetivos más utilizados. La sensibilidad y capacidad de detección del SARS-CoV-2 varía dependiendo del gen amplificado. El objetivo de este estudio es comparar la capacidad de detección de 3 de los genes diana más utilizados en el diagnóstico de COVID-19. Para ello, se estudiaron 1043 muestras de hisopados nasofaríngeos, de las cuales se extrajo el material genético, por medio de columnas comerciales. A partir del ARN extraído se realizó una RT-qPCR para el gen E, para la detección del SARS-CoV-2 y RNAsa P como control interno. Del total de muestras positivas se seleccionaron de manera aleatoria 20 muestras para realizar una RT-qPCR multiplex, para gen N y Orf 1ab para su estudio comparativo. Del total de muestras testeadas, 54 muestras (5.7%) fueron positivas para el gen E. De la subpoblación analizada, el 65% fueron positivas simultáneamente para los 3 genes evaluados, el 75% para los genes E y N, el 65 % para los genes E y Orf 1ab y en un 25% únicamente se detectó el gen E. Entre las muestras con amplificación de los 3 genes diana, encontramos que los valores de CT para el gen E eran significativamente más bajos que los valores de CT para los genes Orf 1ab y N. Con este trabajo se pudo evaluar la capacidad de detección de 3 genes dianas en el diagnóstico de COVID-19 por RTqPCR. En particular, nuestro estudio se realizó utilizando solo un pequeño número de muestras clínicas y, por lo tanto, para un mejor análisis estadístico, sería necesario aumentar el número de las mismas.