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dc.contributor.author
Palma, Juliana Isabel
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dc.contributor.author
Pierdominici Sottile, Gustavo
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dc.date.available
2024-01-16T15:20:28Z
dc.date.issued
2022-10
dc.identifier.citation
Palma, Juliana Isabel; Pierdominici Sottile, Gustavo; On the Uses of PCA to Characterise Molecular Dynamics Simulations of Biological Macromolecules: Basics and Tips for an Effective Use; Wiley VCH Verlag; Chemphyschem; 24; 2; 10-2022; 1-15
dc.identifier.issn
1439-4235
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/223803
dc.description.abstract
Principal Component Analysis (PCA) is a procedure widely used to examine data collected from molecular dynamics simulations of biological macromolecules. It allows for greatly reducing the dimensionality of their configurational space, facilitating further qualitative and quantitative analysis. Its simplicity and relatively low computational cost explain its extended use. However, a judicious implementation of PCA requires the knowledge of its theoretical grounds as well as its weaknesses and capabilities. In this article, we review these issues and discuss several strategies developed over the last years to mitigate the main PCA flaws and enhance the reproducibility of its results.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Wiley VCH Verlag
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
PCA
dc.subject
PERSPECTIVE
dc.subject
PROTEINS
dc.subject
RNA
dc.subject.classification
Otras Ciencias Químicas
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dc.subject.classification
Ciencias Químicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
On the Uses of PCA to Characterise Molecular Dynamics Simulations of Biological Macromolecules: Basics and Tips for an Effective Use
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2024-01-16T14:49:24Z
dc.journal.volume
24
dc.journal.number
2
dc.journal.pagination
1-15
dc.journal.pais
Alemania
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dc.journal.ciudad
Weinheim
dc.description.fil
Fil: Palma, Juliana Isabel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Pierdominici Sottile, Gustavo. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.journal.title
Chemphyschem
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cphc.202200491
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1002/cphc.202200491
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