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dc.contributor.author
Volke, Daniel C.
dc.contributor.author
Martino, Román Alejandro
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dc.contributor.author
Kozaeva, Ekaterina
dc.contributor.author
Smania, Andrea
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dc.contributor.author
Nikel, Pablo I.
dc.date.available
2024-01-11T12:16:03Z
dc.date.issued
2022-05
dc.identifier.citation
Volke, Daniel C.; Martino, Román Alejandro; Kozaeva, Ekaterina; Smania, Andrea; Nikel, Pablo I.; Modular (de)construction of complex bacterial phenotypes by CRISPR/nCas9-assisted, multiplex cytidine base-editing; Springer; Nature Communications; 13; 1; 5-2022; 1-14
dc.identifier.issn
2041-1723
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/223304
dc.description.abstract
CRISPR/Cas technologies constitute a powerful tool for genome engineering, yet their use in non-traditional bacteria depends on host factors or exogenous recombinases, which limits both efficiency and throughput. Here we mitigate these practical constraints by developing a widely-applicable genome engineering toolset for Gram-negative bacteria. The challenge is addressed by tailoring a CRISPR base editor that enables single-nucleotide resolution manipulations (C·G → T·A) with >90% efficiency. Furthermore, incorporating Cas6-mediated processing of guide RNAs in a streamlined protocol for plasmid assembly supports multiplex base editing with >85% efficiency. The toolset is adopted to construct and deconstruct complex phenotypes in the soil bacterium Pseudomonas putida. Single-step engineering of an aromatic-compound production phenotype and multi-step deconstruction of the intricate redox metabolism illustrate the versatility of multiplex base editing afforded by our toolbox. Hence, this approach overcomes typical limitations of previous technologies and empowers engineering programs in Gram-negative bacteria that were out of reach thus far.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Springer
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
CRISPR/Cas9
dc.subject
Base editors
dc.subject
Pseudomonas spp
dc.subject
Multiplex genome editing
dc.subject.classification
Bioquímica y Biología Molecular
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.subject.classification
Biología Celular, Microbiología
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Modular (de)construction of complex bacterial phenotypes by CRISPR/nCas9-assisted, multiplex cytidine base-editing
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2024-01-11T09:55:07Z
dc.journal.volume
13
dc.journal.number
1
dc.journal.pagination
1-14
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.description.fil
Fil: Volke, Daniel C.. Technical University of Denmark; Dinamarca
dc.description.fil
Fil: Martino, Román Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Química Biológica; Argentina
dc.description.fil
Fil: Kozaeva, Ekaterina. Technical University of Denmark; Dinamarca
dc.description.fil
Fil: Smania, Andrea. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba; Argentina
dc.description.fil
Fil: Nikel, Pablo I.. Technical University of Denmark; Dinamarca
dc.journal.title
Nature Communications
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.nature.com/articles/s41467-022-30780-z#citeas
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/https://doi.org/10.1038/s41467-022-30780-z
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