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Goya, Stephanie
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Sosa, Ezequiel
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Nabaes Jodar, Mercedes Soledad
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Torres, Carolina
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König, Guido Alberto
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Acuña, Dolores
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Ceballos, Santiago Guillermo
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Distéfano, Ana Julia
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Dopazo, Hernán Javier
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Dus Santos, María José
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Fass, Mónica Irina
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Fernández Do Porto, Darío Augusto
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Fernández, Ailen
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Gallego, Fernando
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Gismondi, Maria Ines
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Gramundi, Ivan
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Lusso, Silvina
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Marti, Marcelo Adrian
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Mazzeo, Melina
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Mistchenko, Alicia Susana
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Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel
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Natale, Mónica Inés
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Nardi, Cristina Fernanda
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Ousset, Maria Julia
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Peralta, Andrea Verónica
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Pintos, Carolina
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Puebla, Andrea Fabiana
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Pianciola, Luis
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Rivarola, Máximo
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Turjanski, Adrian
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Valinotto, Laura Elena
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Vera, Pablo Andres
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Zaiat, Jonathan Javier
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Zubrycki, Jeremías
dc.contributor.author
Aulicino, Paula
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Viegas, Mariana
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dc.date.available
2023-12-11T16:12:14Z
dc.date.issued
2023-02
dc.identifier.citation
Goya, Stephanie; Sosa, Ezequiel; Nabaes Jodar, Mercedes Soledad; Torres, Carolina; König, Guido Alberto; et al.; Assessing the hidden diversity underlying consensus sequences of SARS-CoV-2 using VICOS, a novel bioinformatic pipeline for identification of mixed viral populations; Elsevier Science; Virus Research; 325; 199035; 2-2023; 1-9
dc.identifier.issn
0168-1702
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/219837
dc.description.abstract
Introduction: Coinfection with two SARS-CoV-2 viruses is still a very understudied phenomenon. Although next generation sequencing methods are very sensitive to detect heterogeneous viral populations in a sample, there is no standardized method for their characterization, so their clinical and epidemiological importance is unknown. Material and methods: We developed VICOS (Viral COinfection Surveillance), a new bioinformatic algorithm for variant calling, filtering and statistical analysis to identify samples suspected of being mixed SARS-CoV-2 populations from a large dataset in the framework of a community genomic surveillance. VICOS was used to detect SARS-CoV-2 coinfections in a dataset of 1,097 complete genomes collected between March 2020 and August 2021 in Argentina. Results: We detected 23 cases (2%) of SARS-CoV-2 coinfections. Detailed study of VICOS's results together with additional phylogenetic analysis revealed 3 cases of coinfections by two viruses of the same lineage, 2 cases by viruses of different genetic lineages, 13 were compatible with both coinfection and intra-host evolution, and 5 cases were likely a product of laboratory contamination. Discussion: Intra-sample viral diversity provides important information to understand the transmission dynamics of SARS-CoV-2. Advanced bioinformatics tools, such as VICOS, are a necessary resource to help unveil the hidden diversity of SARS-CoV-2.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Elsevier Science
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
dc.subject
COINFECTION
dc.subject
EVOLUTION
dc.subject
INTRA-HOST
dc.subject
SARS-COV-2
dc.subject
VIRUS
dc.subject
WITHIN-HOST
dc.subject
COVID-19
dc.subject.classification
Virología
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Assessing the hidden diversity underlying consensus sequences of SARS-CoV-2 using VICOS, a novel bioinformatic pipeline for identification of mixed viral populations
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2023-12-06T15:17:56Z
dc.journal.volume
325
dc.journal.number
199035
dc.journal.pagination
1-9
dc.journal.pais
Países Bajos
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dc.journal.ciudad
Amsterdam
dc.description.fil
Fil: Goya, Stephanie. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Sosa, Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y BioquÍmica. Instituto de Investigaciones En Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina
dc.description.fil
Fil: König, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina
dc.description.fil
Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Ceballos, Santiago Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur. Instituto de Ciencias Polares, Ambientales y Recursos Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Distéfano, Ana Julia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Dopazo, Hernán Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Biocódices S.A; Argentina
dc.description.fil
Fil: Dus Santos, María José. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Fass, Mónica Irina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Fernández Do Porto, Darío Augusto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
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Fil: Fernández, Ailen. Laboratorio Central Ciudad de Neuquen; Argentina
dc.description.fil
Fil: Gallego, Fernando. Laboratorio de Hospital Regional de Ushuaia; Argentina
dc.description.fil
Fil: Gismondi, Maria Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Gramundi, Ivan. Laboratorio de Hospital Regional de Ushuaia; Argentina
dc.description.fil
Fil: Lusso, Silvina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Marti, Marcelo Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Mazzeo, Melina. Laboratorio Central Ciudad de Neuquen; Argentina
dc.description.fil
Fil: Mistchenko, Alicia Susana. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; Argentina
dc.description.fil
Fil: Muñoz Hidalgo, Marianne Graziel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
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Fil: Natale, Mónica Inés. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; Argentina
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Fil: Nardi, Cristina Fernanda. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur. Instituto de Ciencias Polares, Ambientales y Recursos Naturales; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas; Argentina
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Fil: Ousset, Maria Julia. Laboratorio Central Ciudad de Neuquen; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
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Fil: Peralta, Andrea Verónica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
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Fil: Pintos, Carolina. Laboratorio Central Ciudad de Neuquen; Argentina
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Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
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Fil: Pianciola, Luis. Laboratorio Central Ciudad de Neuquen; Argentina
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Fil: Rivarola, Máximo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
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Fil: Turjanski, Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
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Fil: Valinotto, Laura Elena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; Argentina
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Fil: Vera, Pablo Andres. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina
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Fil: Zaiat, Jonathan Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
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Fil: Zubrycki, Jeremías. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Biocódices S.A; Argentina
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Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; Argentina
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Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; Argentina
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Virus Research
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info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1016/j.virusres.2022.199035
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