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dc.contributor.author
Palma, Juliana Isabel
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dc.contributor.author
Pierdominici Sottile, Gustavo
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dc.date.available
2023-12-06T14:10:49Z
dc.date.issued
2023-05
dc.identifier.citation
Palma, Juliana Isabel; Pierdominici Sottile, Gustavo; Dinámica Molecular de Biomoléculas; Universidad Nacional de Quilmes; Divulgatio; 7; 20; 5-2023; 63-99
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/219471
dc.description.abstract
Para cumplir con su función biológica, proteínas y ácidos nucleicos realizan precisos cambios conformacionales. Los mismos, son producidos por la coordinación de pequeñas fluctuaciones ejecutadas por sus átomos. Curiosamente, a simple vista, estos átomos parecen moverse de manera caótica. Las simulaciones de dinámica molecular (MD, por {it Molecular Dynamics}) constituyen una herramienta particularmente versátil para investigar la conexión entre los cuasi-aleatorios movimientos atómicos y los cambios conformacionales. De esta manera, permiten construir puentes que van desde la secuencia a la estructura; y desde allí a la dinámica y la función biológica.Los fundamentos de las simulaciones MD son simples e intuitivos. Sin embargo, al momento de implementar un estudio particular, es posible tomar muchas malas decisiones que no impedirán realizar el cálculo, sino que subrepticiamente harán que sus resultados sean carentes de cualquier valor.En este artículo, presentaremos los conceptos fundamentales de las simulaciones MD, resaltando aquellos aspectos que son críticos para asegurar su utilidad. Además, discutiremos sus fortalezas y limitaciones, destacando cómo las mismas fueron evolucionando con el tiempo. Asimismo, brindaremos ejemplos paradigmáticos que ilustran las capacidades actuales de esta valiosa herramienta computacional.
dc.description.abstract
To fulfill their biological function, proteins and nucleic acids undergo preci-se conformational changes. These changes are brought about by the coordination of small fluctuations executed by their atoms. Interestingly, at first glance, these atoms seem to move in a chaotic manner. Molecular dynamics simulations (MD) are a particularly versatile tool for investigating the connection between quasi-random atomic motions and conformational changes. In this way, they allow us to build bridges from sequence to structure, and from there to dynamics and biological function. The fundamentals of MD simulations are simple and intuitive. However, when implementing a specific study, it is possible to make many poor decisions that will not prevent the calculation from being performed but will surreptitiously render its results devoid of any value. In this article, we will present the fundamental concepts of MD simulations, highlighting those aspects that are critical to ensuring their utility. Additionally, we will discuss their strengths and limitations, emphasizing how they have evolved over time. Furthermore, we will provide paradigmatic examples that illustrate the current capabilities of this valuable computational tool.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
spa
dc.publisher
Universidad Nacional de Quilmes
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
dc.subject
DINAMICA
dc.subject
ARN
dc.subject
PROTEINAS
dc.subject
SIMULACIONES COMPUTACIONALES
dc.subject.classification
Biología
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Dinámica Molecular de Biomoléculas
dc.title
Molecular Dynamics of Biomolecules
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2023-12-04T12:54:06Z
dc.identifier.eissn
2591-3530
dc.journal.volume
7
dc.journal.number
20
dc.journal.pagination
63-99
dc.journal.pais
Argentina
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dc.description.fil
Fil: Palma, Juliana Isabel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Pierdominici Sottile, Gustavo. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.journal.title
Divulgatio
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://ojs.unq.edu.ar/index.php/divulgatio/article/view/292
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.48160/25913530di20.292
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