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dc.contributor.author
Pedron, Federico Nicolás
dc.contributor.author
Messias Da Silva, Andresa
dc.contributor.author
Zeida, Ari
dc.contributor.author
Roitberg, Adrián E.
dc.contributor.author
Estrin, Dario Ariel
dc.date.available
2023-12-01T16:00:12Z
dc.date.issued
2023-01
dc.identifier.citation
Pedron, Federico Nicolás; Messias Da Silva, Andresa; Zeida, Ari; Roitberg, Adrián E.; Estrin, Dario Ariel; Novel Lennard-Jones Parameters for Cysteine and Selenocysteine in the AMBER Force Field; American Chemical Society; Journal of Chemical Information and Modeling; 63; 2; 1-2023; 595-604
dc.identifier.issn
1549-9596
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/219047
dc.description.abstract
Cysteine is a common amino acid with a thiol group that plays a pivotal role in a variety of scenarios in redox biochemistry. In contrast, selenocysteine, the 21st amino acid, is only present in 25 human proteins. Classical force-field parameters for cysteine and selenocysteine are still scarce. In this context, we present a methodology to obtain Lennard-Jones parameters for cysteine and selenocysteine in different physiologically relevant oxidation and protonation states. The new force field parameters obtained in this work are available at https://github.com/MALBECC/AMBER-parameters-database. The parameters were adjusted to reproduce water radial distribution functions obtained by density functional theory ab initio molecular dynamics. We validated the results by evaluating the impact of the choice of parameters on the structure and dynamics in classical molecular dynamics simulations of representative proteins containing catalytic cysteine/selenocysteine residues. There are significant changes in protein structure and dynamics depending on the parameters choice, specifically affecting the residues close to the catalytic sites.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
American Chemical Society
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
selenocysteine
dc.subject
Lennard Jones parameters
dc.subject
Amber force field
dc.subject.classification
Otras Ciencias Químicas
dc.subject.classification
Ciencias Químicas
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.title
Novel Lennard-Jones Parameters for Cysteine and Selenocysteine in the AMBER Force Field
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2023-11-29T13:26:18Z
dc.journal.volume
63
dc.journal.number
2
dc.journal.pagination
595-604
dc.journal.pais
Estados Unidos
dc.journal.ciudad
Washington
dc.description.fil
Fil: Pedron, Federico Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; Argentina
dc.description.fil
Fil: Messias Da Silva, Andresa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; Argentina
dc.description.fil
Fil: Zeida, Ari. Universidad de la República; Uruguay
dc.description.fil
Fil: Roitberg, Adrián E.. University of Florida; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Estrin, Dario Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; Argentina
dc.journal.title
Journal of Chemical Information and Modeling
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01104
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.2c01104
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