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dc.contributor.author
Wolfenson, Laura Irene
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dc.contributor.author
McCracken, Gregory R.
dc.contributor.author
Ruzzante, Daniel E.
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dc.contributor.author
Mirol, Patricia Monica
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dc.contributor.author
Solé Cava, Antonio
dc.date.available
2023-11-22T14:25:54Z
dc.date.issued
2022-11
dc.identifier.citation
Wolfenson, Laura Irene; McCracken, Gregory R.; Ruzzante, Daniel E.; Mirol, Patricia Monica; Solé Cava, Antonio; Low STR variability in the threatened marsh deer, Blastocerus dichotomus, detected through amplicon sequencing in non-invasive samples; Sociedade Brasileira de Genética; Genetics and Molecular Biology; 45; 4; 11-2022; 1-6
dc.identifier.issn
1415-4757
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/218484
dc.description.abstract
Blastocerus dichotomus is the largest deer in South America. We have used 25 microsatellite markers detected and genotyped by Next Generation Sequencing to estimate the genetic variability of B. dichotomus in Argentina, where most of its populations are threatened. Primer design was based on the sequence of a shallow partial genome (15,967,456 reads; 16.66% genome coverage, mean depth 1.64) of a single individual. From the thousands of microsatellite loci found, even under high stringency selection, we chose and tested a set of 80 markers on 30 DNA samples extracted from tissue and feces from three Argentinean populations. Heterozygosity levels were low across all loci in all populations (H=0.31 to 0.40). Amplicon sequencing is a fast, easy, and affordable technique that can be very useful for the characterization of microsatellite marker sets for the conservation genetics of non-model organisms. This work is also one of the first ones to use amplicon sequencing in non-invasive samples and represents an important development for the study of threatened species.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Sociedade Brasileira de Genética
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/
dc.subject
CERVID
dc.subject
MAMMAL
dc.subject
MICROSATELLITES
dc.subject
NEXT GENERATION SEQUENCING
dc.subject.classification
Conservación de la Biodiversidad
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dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
Low STR variability in the threatened marsh deer, Blastocerus dichotomus, detected through amplicon sequencing in non-invasive samples
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2023-11-15T16:01:12Z
dc.identifier.eissn
1678-4685
dc.journal.volume
45
dc.journal.number
4
dc.journal.pagination
1-6
dc.journal.pais
Brasil
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dc.journal.ciudad
Sao Paulo
dc.description.fil
Fil: Wolfenson, Laura Irene. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; Argentina
dc.description.fil
Fil: McCracken, Gregory R.. Dalhousie University Halifax; Canadá
dc.description.fil
Fil: Ruzzante, Daniel E.. Dalhousie University Halifax; Canadá
dc.description.fil
Fil: Mirol, Patricia Monica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Solé Cava, Antonio. Universidade Federal do Rio de Janeiro; Brasil
dc.journal.title
Genetics and Molecular Biology
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.scielo.br/j/gmb/a/n6HKK6LCVWcJFYt4zmgPx9z/?lang=en
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1590/1678-4685-GMB-2022-0105
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