Mostrar el registro sencillo del ítem
dc.contributor.author
Morales, Martín Eduardo
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.contributor.author
Goloboff, Pablo Augusto
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.date.available
2023-09-27T16:58:26Z
dc.date.issued
2023-01
dc.identifier.citation
Morales, Martín Eduardo; Goloboff, Pablo Augusto; New TNT routines for parallel computing with MPI; Academic Press Inc Elsevier Science; Molecular Phylogenetics and Evolution; 178; 1-2023; 1-7
dc.identifier.issn
1055-7903
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/213295
dc.description.abstract
Phylogenetic inference, which involves time-consuming calculations, is a field where parallelization can speed up the resolution of many problems. TNT (a widely used program for phylogenetic analysis under parsimony) allows parallelization under the PVM system (Parallel Virtual Machine). However, as the basic aspects of the implementation remain unpublished, few studies have taken advantage of the parallelization routines of TNT. In addition, the PVM system is deprecated by many system administrators. One of the most common standards for high performance computing is now MPI (Message Passing Interface). To facilitate the use of the parallel analyses offered by TNT, this paper describes the basic aspects of the implementation, as well as a port of the parallelization interface of TNT into MPI. The use of the new routines is illustrated by reanalysis of seven significant datasets, either recent phylogenomic datasets with many characters (up to 2,509,064 characters) or datasets with large numbers of taxa (up to 13,921 taxa). Versions of TNT including the MPI functionality are available at: http://www.lillo.org.ar/phylogeny/tnt/.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Academic Press Inc Elsevier Science
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
TNT
dc.subject
MPI
dc.subject
Parallelization
dc.subject
Phylogenetic inference
dc.subject.classification
Ciencias de la Información y Bioinformática
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.title
New TNT routines for parallel computing with MPI
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2023-09-25T14:54:52Z
dc.journal.volume
178
dc.journal.pagination
1-7
dc.journal.pais
Estados Unidos
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.description.fil
Fil: Morales, Martín Eduardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; Argentina
dc.description.fil
Fil: Goloboff, Pablo Augusto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; Argentina. American Museum of Natural History; Estados Unidos
dc.journal.title
Molecular Phylogenetics and Evolution
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790322002561
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2022.107643
Archivos asociados