Mostrar el registro sencillo del ítem
dc.contributor.author
Cacciabue, Marco Polo Domingo
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.contributor.author
Aguilera, Pablo Nicolas
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.contributor.author
Gismondi, Maria Ines
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.contributor.author
Taboga, Oscar Alberto
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.date.available
2023-09-05T14:34:40Z
dc.date.issued
2022-04
dc.identifier.citation
Cacciabue, Marco Polo Domingo; Aguilera, Pablo Nicolas; Gismondi, Maria Ines; Taboga, Oscar Alberto; Covidex: An ultrafast and accurate tool for SARS-CoV-2 subtyping; Elsevier Science; Infection, Genetics and Evolution; 99; 4-2022; 1-3
dc.identifier.issn
1567-1348
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/210550
dc.description.abstract
The epidemiological surveillance of SARS-CoV-2 by means of whole-genome sequencing has revealed the emergence and co-existence of multiple viral lineages or subtypes throughout the world. Moreover, it has been shown that several subtypes of this virus display particular phenotypes, such as increased transmissibility or reduced susceptibility to neutralizing antibodies, leading to the denomination of Variants of Interest (VOI) or Variants of Concern (VOC). Thus, subtyping of SARS-CoV-2 is a crucial step for the surveillance of this pathogen. Here, we present Covidex, an open-source, alignment-free machine learning subtyping tool. It is a shiny web app that allows an ultra-fast and accurate classification of SARS-CoV-2 genome sequences into the three most used nomenclature systems (GISAID, Nextstrain, Pango lineages). It also categorizes input sequences as VOI or VOC, according to current definitions. The program is cross-platform compatible and it is available via Source-Forge https://sourceforge.net/projects/covidex or via the web application http://covidex.unlu.edu.ar.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Elsevier Science
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
MACHINE LEARNING
dc.subject
SARS-COV-2
dc.subject
SUBTYPING
dc.subject
VOC
dc.subject
VOI
dc.subject
WEB-APPLICATION
dc.subject
COVID-19
dc.subject.classification
Virología
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
Ciencias Biológicas
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
Ciencias de la Información y Bioinformática
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.title
Covidex: An ultrafast and accurate tool for SARS-CoV-2 subtyping
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2023-07-08T00:36:21Z
dc.journal.volume
99
dc.journal.pagination
1-3
dc.journal.pais
Países Bajos
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.journal.ciudad
Amsterdam
dc.description.fil
Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación En Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Aguilera, Pablo Nicolas. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación En Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación En Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Taboga, Oscar Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación En Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina
dc.journal.title
Infection, Genetics and Evolution
![Se ha confirmado la validez de este valor de autoridad por un usuario](/themes/CONICETDigital/images/authority_control/invisible.gif)
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1567134822000582
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1016/j.meegid.2022.105261
Archivos asociados