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dc.contributor.author
Rausch, Atilio Osvaldo
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dc.contributor.author
Freiberger, Maria Ines
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dc.contributor.author
Leonetti, Cesar Osvaldo
dc.contributor.author
Bombelli Luna, Diego Martin
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dc.contributor.author
Radusky, Leandro Gabriel
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dc.contributor.author
Wolynes, Peter G.
dc.contributor.author
Ferreiro, Diego
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dc.contributor.author
Parra, Rodrigo Gonzalo
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dc.date.available
2023-09-01T17:53:14Z
dc.date.issued
2021-09
dc.identifier.citation
Rausch, Atilio Osvaldo; Freiberger, Maria Ines; Leonetti, Cesar Osvaldo; Bombelli Luna, Diego Martin; Radusky, Leandro Gabriel; et al.; FrustratometeR: an R-package to compute local frustration in protein structures, point mutants and MD simulations; Oxford University Press; Bioinformatics (Oxford, England); 37; 18; 9-2021; 3038-3040
dc.identifier.issn
1367-4803
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/210225
dc.description.abstract
Once folded, natural protein molecules have few energetic conflicts within their polypeptide chains. Many protein structures do however contain regions where energetic conflicts remain after folding, i.e. they are highly frustrated. These regions, kept in place over evolutionary and physiological timescales, are related to several functional aspects of natural proteins such as protein-protein interactions, small ligand recognition, catalytic sites and allostery. Here, we present FrustratometeR, an R package that easily computes local energetic frustration on a personal computer or a cluster. This package facilitates large scale analysis of local frustration, point mutants and molecular dynamics (MD) trajectories, allowing straightforward integration of local frustration analysis into pipelines for protein structural analysis.
dc.format
application/pdf
dc.language.iso
eng
dc.publisher
Oxford University Press
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dc.rights
info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.subject
FRUSTRATION
dc.subject
R-PACKAGE
dc.subject
PROTEIN
dc.subject.classification
Otras Ciencias de la Computación e Información
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dc.subject.classification
Ciencias de la Computación e Información
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dc.subject.classification
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
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dc.title
FrustratometeR: an R-package to compute local frustration in protein structures, point mutants and MD simulations
dc.type
info:eu-repo/semantics/article
dc.type
info:ar-repo/semantics/artículo
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.updated
2023-08-30T10:39:46Z
dc.journal.volume
37
dc.journal.number
18
dc.journal.pagination
3038-3040
dc.journal.pais
Reino Unido
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dc.journal.ciudad
Oxford
dc.description.fil
Fil: Rausch, Atilio Osvaldo. Universidad Nacional de Entre Ríos. Facultad de Ingeniería; Argentina
dc.description.fil
Fil: Freiberger, Maria Ines. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica. Laboratorio de Fisiología de Proteínas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Leonetti, Cesar Osvaldo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica. Laboratorio de Fisiología de Proteínas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Bombelli Luna, Diego Martin. Universidad Nacional de Entre Ríos. Facultad de Ingeniería; Argentina
dc.description.fil
Fil: Radusky, Leandro Gabriel. Center For Genomic Regulation; España. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Wolynes, Peter G.. Rice University; Estados Unidos
dc.description.fil
Fil: Ferreiro, Diego. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica. Laboratorio de Fisiología de Proteínas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina
dc.description.fil
Fil: Parra, Rodrigo Gonzalo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. European Molecular Biology; Alemania
dc.journal.title
Bioinformatics (Oxford, England)
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dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/18/3038/6171179?login=false
dc.relation.alternativeid
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btab176
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