Comparación de 3 kits de real time RT-PCR para detección de SARS-CoV-2

Abstract

El objetivo de este trabajo fue analizar la performance de 3 kits comerciales de real time RT-PCR para la detección de SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos, mediante el criterio de mayoría. Se seleccionaron 100 muestras de ARN informadas en el SISA como detectables (n=50) o no detectables (n=50) con el GeneFinder-COVID-19 Plus RealAmp, que fueron posteriormente analizadas mediante el BGI-Real-Time Fluorescent for Detecting SARS-CoV-2 y el DisCoVery-SARS-CoV-2 RT-PCR. Los niveles de concordancia fueron de buenos a excelentes; Genefinder y DisCoVery presentaron sensibilidad del 100%, mientras que BGI presentó una sensibilidad menor al 90%. Se analizaron los productos de 10 muestras discordantes o dudosas mediante electroforesis en gel de agarosa. Se confirmaron 3 muestras como falsos negativos del BGI y 5 muestras detectables al DisCoVery se presumen como verdaderos positivos. El uso de los kits DisCoVery y GeneFinder™ se presenta como una excelente opción, con buenos valores de sensibilidad y especificidad.

The objective of the present study was to evaluate the diagnostic performance of 3 commercial SARS-CoV-2 real time RT-PCR detection kits on nasopharyngeal swab samples, using the majority criterion. One hundred RNA samples informed as detectable (n=50) and not detectable (n=50) with GeneFinder-COVID-19 Plus RealAmp were selected, and later analyzed with BGI-Real-Time Fluorescent for Detecting SARS-CoV-2 and DisCoVery-SARS-CoV-2 RT-PCR. Agreement between tests was almost perfect; sensitivity was 100% for Genefinder and DisCoVery and less than 90% for BGI. Real time PCR products from 10 discordant samples were further analyzed by agarose gel electrophoresis, confirming 3 false negatives by BGI and suggesting 5 samples as true positives by DisCoVery. The use of DisCoVery and GeneFinder™ appear as an excellent choice with good sensitivity and specificity values.