Detección temprana y eficiente de variantes Delta y Ómicron de SARS- Cov- 2 COVID-19 mediante tamizaje por RT-qPCR

Abstract

Introducción: Durante la pandemia de enfermedad por coronavirus de 2019 (COVID-19, por sus siglas en inglés), el surgimiento de las llamadas variantes de preocupación ha sido un problema recurrente. La secuenciación genómica es la herramienta de referencia para la identificación de nuevas variantes, así como para detectar la circulación de las ya conocidas. Sin embargo, la capacidad del sistema de vigilancia genómica es limitada y se requieren estrategias de tamizaje previo para la selección de muestras. Objetivos: Diseñar, validar y aplicar estrategias de transcripción reversa acoplada a reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (RTqPCR, por sus siglas en inglés) para el tamizaje de variantes delta, ómicron y la emergencia de posibles nuevas variantes. Materiales y Métodos: Se diseñaron oligonucleótidos específicos (primers y sondas) que permiten discriminar entre las diferentes variantes de SARS-Cov-2, al hibridar con regiones correspondientes a deleciones específicas. Se emplearon ensayos de amplificación y melting de sondas fluorescentes y se validaron con muestras de diferentes variantes de preocupación. Resultados: Los ensayos permitieron identificar variantes de preocupación de manera rápida y eficiente, empleando metodologías estándar en laboratorios de diagnóstico molecular. La asignación de variantes con este método coincidió completamente con los datos provenientes de la secuenciación. Conclusiones: Los protocolos validados en este trabajo posibilitaron la detección temprana de variantes delta y ómicron en la provincia de San Luis, así como en otras jurisdicciones donde se transfirió la metodología.

Introduction. During the COVID-19 pandemic, the rise of so-called variants of concern (VOCs) has been a recurring problem. The gold standard approach for the identification of new and current variantsis genomic sequencing. However, the capacity of the genomic surveillance system is limited and prior screening strategies are required for sample selection. Objectives. To design, validate and apply Reverse-Transcription quantitative Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR) strategies for the screening of the Delta and Omicron variants, as well as for the detection of eventual emergence of new variants. Materials and methods. Specific oligonucleotides (primers and probes) were designed to allow the discrimination between the different variants of SARS-Cov2, by hybridizing with regions corresponding to specific deletions. Amplification and melting assays of fluorescent probes were used and validated with samples of different variants. Results. The assays allowed identifying VOCs quickly and efficiently, using standard methodologies in molecular diagnostic laboratories. Variant assignment with this method was in complete agreement with data from sequencing. Conclusions. The protocols validated in this work allowed the early detection of the Delta and Omicron variants in the province of San Luis, as well as in other jurisdictions of Argentina where the methodology was transferred.