Repositorio Institucional
Repositorio Institucional
CONICET Digital
  • Inicio
  • EXPLORAR
    • AUTORES
    • DISCIPLINAS
    • COMUNIDADES
  • Estadísticas
  • Novedades
    • Noticias
    • Boletines
  • Ayuda
    • General
    • Datos de investigación
  • Acerca de
    • CONICET Digital
    • Equipo
    • Red Federal
  • Contacto
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.
  • INFORMACIÓN GENERAL
  • RESUMEN
  • ESTADISTICAS
 
Artículo

Insights on the evolution of Coronavirinae in general, and SARS-CoV-2 in particular, through innovative biocomputational resources

Dos Santos, Daniel AndrésIcon ; Reynaga, Maria CelinaIcon ; Gonzalez, Juan CruzIcon ; Fontanarrosa, GabrielaIcon ; Gultemirian, Maria de LourdesIcon ; Novillo, AgustinaIcon ; Abdala, Virginia Sara LuzIcon
Fecha de publicación: 07/2022
Editorial: PeerJ Inc
Revista: PeerJ
ISSN: 2167-8359
Idioma: Inglés
Tipo de recurso: Artículo publicado
Clasificación temática:
Ciencias de la Información y Bioinformática

Resumen

The structural proteins of coronaviruses portray critical information to address issues of classification, assembly constraints, and evolutionary pathways involving host shifts. We compiled 173 complete protein sequences from isolates belonging to the four genera of the subfamily Coronavirinae. We calculate a single matrix of viral distance as a linear combination of protein distances. The minimum spanning tree (MST) connecting the individuals captures the structure of their similarities. The MST re-capitulates the known phylogeny of Coronovirinae. Hosts were mapped onto the MST and we found a non-trivial concordance between host phylogeny and viral proteomic distance. We also study the chimerism in our dataset through computational simulations. We found evidence that structural units coming from loosely related hosts hardly give rise to feasible chimeras in nature. This work offers a fresh way to analyze features of SARSCoV-2 and related viruses.
Palabras clave: BIODIVERSITY , BIOINFORMATICS , VIROLOGY , EPIDEMIOLOGY , COVID-19
Ver el registro completo
 
Archivos asociados
Thumbnail
 
Tamaño: 1.543Mb
Formato: PDF
.
Descargar
Licencia
info:eu-repo/semantics/openAccess Excepto donde se diga explícitamente, este item se publica bajo la siguiente descripción: Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 2.5 Unported (CC BY-NC-SA 2.5)
Identificadores
URI: http://hdl.handle.net/11336/207388
URL: https://peerj.com/articles/13700/
DOI: https://doi.org/10.7717/peerj.13700
Colecciones
Articulos(IBN)
Articulos de INSTITUTO DE BIODIVERSIDAD NEOTROPICAL
Citación
Dos Santos, Daniel Andrés; Reynaga, Maria Celina; Gonzalez, Juan Cruz; Fontanarrosa, Gabriela; Gultemirian, Maria de Lourdes; et al.; Insights on the evolution of Coronavirinae in general, and SARS-CoV-2 in particular, through innovative biocomputational resources; PeerJ Inc; PeerJ; 10; 7-2022; 1-20
Compartir
Altmétricas
 

Enviar por e-mail
Separar cada destinatario (hasta 5) con punto y coma.
  • Facebook
  • X Conicet Digital
  • Instagram
  • YouTube
  • Sound Cloud
  • LinkedIn

Los contenidos del CONICET están licenciados bajo Creative Commons Reconocimiento 2.5 Argentina License

https://www.conicet.gov.ar/ - CONICET

Inicio

Explorar

  • Autores
  • Disciplinas
  • Comunidades

Estadísticas

Novedades

  • Noticias
  • Boletines

Ayuda

Acerca de

  • CONICET Digital
  • Equipo
  • Red Federal

Contacto

Godoy Cruz 2290 (C1425FQB) CABA – República Argentina – Tel: +5411 4899-5400 repositorio@conicet.gov.ar
TÉRMINOS Y CONDICIONES